Em 2011, com a parceria da Cortiana Plásticos, o Santos formou um grande time para a modalidade, sendo a base da Seleção Brasileira de Futsal, chegando a ter sete convocados de uma só vez.[1] O time foi comandado pelo técnico Fernando Ferretti, tendo o melhor do mundo nas quadras, Falcão, além de grandes jogadores como Pixote, Neto, Índio, Valdin, Jackson e Jé.[2]
Em apenas 1 ano, o time conquistou a Liga Futsal e a Copa Gramado, sendo que a Liga Futsal foi vencida nos pênaltis, contra o tradicional Carlos Barbosa na Arena Santos (onde o clube mandou os jogos). E com essa conquista, o Santos foi o primeiro clube paulista, a conquistar a Liga Futsal.[3]
Depois de dois títulos e também o vice da Liga Paulista, o Santos encerrou a parceria com a Cortiana Plásticos e fechou o time de futsal, no final de 2011.[4]
Atualmente, o clube disputa torneios de futsal com equipes de base.[5]
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