Родился в крестьянской семье[2]. Родители умерли, когда он был в младенческом возрасте, его воспитывала бабушка, глубоко верующая[3], а после её смерти — тётка[4].
В 1963 году окончил восьмилетнюю школу. В 1963—1967 годах работал в колхозе, с 1967 по 1969 год служил в Советской армии в Новгороде[3]. В 1969—1970 годах работал в железнодорожном депо города Бреста[2].
В 1977 году был рукоположён в сан иеромонаха и направлен служить в Волынскую епархию[2]. 18 марта 1977 года назначен настоятелем Троицкого храма в селе Рудка-Козинская Волынской области[2].
25 августа 1992 года Нифонт был переведён на Волынскую кафедру[2]. В это время все храмы Луцка, кроме Свято-Покровской церкви, были заняты сторонниками «Киевского патриархата»[7], захвачены кафедральный Свято-Троицкий собор, епархиальное управление и помещения Волынской духовной семинарии[7]. Полтора года после назначения Нифонта в Луцк местные власти отказывали владыке в прописке в этом городе[6][8], называя епископа Нифонта, коренного волынянина, «московским попом»[8].
Несмотря на нападения[7][4] членов «Руха»[7][4][8] и сторонников Киевского патриархата[7][4][8] на Свято-Покровскую церковь и на Волынскую семинарию[7][4][8], владыке удалось обеспечить обучение студентов; к 2005 году в Луцке действовали уже 18 общин УПЦ[4], к 2006 году митрополит Нифонт рукоположил более трёхсот священнослужителей[7].
С 11 апреля 2000 года — митрополит Луцкий и Волынский[2][5].
В 2005 году Волынская епархия УПЦ с его благословения и за счёт епархии и жертвователей издала Евангелие на украинском языке. Были изданы и первый на Украине «Закон Божий» для детей на украинском языке, «Новый Завет», молитвослов для незрячих, а также осуществлено факсимильные издания Луцких Псалтири и Евангелия XIV века, оригиналы которых хранятся не на Украине[9].
20 июля 2012 года титул изменён на Волынский и Луцкий[10].
Высказывался против полного отделения УПЦ (МП) от Русской православной церкви, поскольку, по его мнению, идея автокефалии дискредитирована церковным расколом и может привести к новому расколу[8][11].