Печатается с 1985 г. (около 500 статей, рецензий и обзоров в русскоязычной периодике Германии, России, США, Англии, Чехии, Израиля и Франции). Специализируется на истории эмиграции и холодной войны. В 1994 г. — составитель и главный редактор иллюстрированного «журнала эссеистики, публикаций, хроники» «Опыты» (Париж—Петербург, 1994, № 1, единственный). С 2011 года ведёт на российском телеканале «Культура» авторскую программу «Исторические путешествия Ивана Толстого» (вышло 80 программ).
С осени 2018 года составляет и редактирует «Connaisseur: историко-культурный альманах: книги, архивы, графика, театр», выходящий в Праге на русском языке: том 1 — Paris Russe (288 c.), том 2 — «Детская мысль» (496 с.), том 3 — «У нас в Ленинграде», в 2 выпусках (688 с. + 688 с.).
Прага: Путеводитель «Афиши». — М.: Афиша, 2001. (В соавторстве с О. Поленовой, Е. Костылевой, О. Кармоди)
Радио Свобода: Полвека в эфире. 1953—2002. CD-ROM. — Прага — Москва, 2003.
Джин Сосин. Искры Свободы: Воспоминания ветерана радио / Пер. с англ. Ольги Поленовой и Владимира Федорова. Вступит. статья и общ. ред. Ивана Толстого. — Тамбов — Москва — С.-Петербург — Баку — Вена: Нобелистика, 2004. — 308 с.
Отмытый роман Пастернака: «Доктор Живаго» между КГБ и ЦРУ. — М.: Время, 2009. — 496 с.
«Доктор Живаго»: Новые факты и находки в Нобелевском архиве. — Прага: Human Rights Publishers, 2010.
«Господин из Сан-Франциско» сто лет спустя. — Сан-Франциско: Аквилон, 2016. — 68 с. (В соавторстве с Андреем Устиновым)
Бедлам как Вифлеем: Беседы любителей русского слова. — М.: ИД «ДЕЛО», 2016. — 512 с. (В соавторстве с Борисом Парамоновым)
Застолье Петра Вайля: сборник / Составление, предисловие и интервью с автором: Иван Толстой. — М.: АСТ, Corpus, 2019. — 430, [1] с., [12] л. ил., цв. ил.; — (Писатели на «Свободе»)
Химеры и трагедия: Пять эссе об Алексее Толстом. — СПб.: Издательство РХГА, 2021. — 250 с.
Волтерская букашка и другие книжные истории. — СПб.: Издательство РХГА, 2021. — 337 с.
Русское лихолетье. История проигравших. Воспоминания русских эмигрантов времен Революции 1917 года и Гражданской войны / Составление, вступ. ст, биографические справки, канва основных событий: Иван Толстой. — М.: АСТ, 2021. — 320 с.
Пушкин и компания: Новые беседы любителей русского слова. — М.: ИД «ДЕЛО», 2022. — 544 с. (В соавторстве с Борисом Парамоновым).
Джин Сосин. Искры Свободы: Воспоминания ветерана радио / Пер. с англ. Ольги Поленовой и Ивана Толстого. Под общ. ред. и со вступ. ст. Ивана Толстого. — Прага: Human Rights Publishers (Библиотека альманаха Connaisseur), 2023. — 557 с.
Гонимые войной: Свидетели украинской трагедии в подкасте «Гуманитарный коридор» Радио Свобода / Гнанi вiйною: Свiдки української трагедiї в подкастi «Гуманiтарний коридор» Радiо Свобода. Українською переклав Олександр Бойченко / Составители Игорь Померанцев и Иван Толстой. — Прага: Радио Свобода, 2023. — 172 с. + 166 с. (Двуязычное издание)
Гонимые войной: Свидетели украинской трагедии в подкасте «Гуманитарный коридор» Радио Свобода / Driven by War / Составители Игорь Померанцев и Иван Толстой. — Прага: Радио Свобода, 2023. — 172 с. + 166 с. (Двуязычное издание)
Хранители наследства от Зильберштейна до наших дней в воспоминаниях, документах и устных рассказах. (Библиотека альманаха Connaisseur). — Прага: Connaisseur, 2023. — 512 c.
Телепрограммы
Цикл «Исторические путешествия Ивана Толстого», телеканал «Культура» (автор и ведущий)
«Хранители наследства», телеканал «Культура», 2013 (автор и ведущий)
Выставки
Четверть века собирания Набокова (Прага, Штаб-квартира Радио Свобода и то же: Славянская библиотека, 1999).
Писатели у микрофона: Книги и фотографии из собрания Ивана Толстого. — Прага: Славянская библиотека, 2003 (каталог). — [12 ненумер. с.].
К 50-летию Радио Свобода: Люди и книги (Прага, Штаб-квартира радио, 2003)
The Third Wave and «Novy Amerikanetz»: Russian Culture in New York 1970—1990. Legendary Time by Legendary Artists and Photographers (The National Arts Club, New York, May 31 — June 11, 2016). New York, Russian American Foundation, 2016. Сокуратор выставки (вместе с Matthew Drutt и Мариной Ковалёвой). Каталог. — 74 с.
Авторы «Свободы» и Лица «Свободы»: Книги и фотографии из собрания Ивана Толстого. — Прага: Штаб-квартира Радио «Свобода», 1—31 марта 2023.
Примечания
↑Юниверг, Леонид. Духовный наследник Зиновия Гржебина, или Издательские опыты Ивана Толстого // Библиофилы России: Альманах. Том VII. — М.: Любимая Россия, 2010. — С. 424—452.