Ingen radiokommunikation mellan sportdirektörer och cyklister var tillåten under de 10:e och 13:e etapperna.[1] Under tidigare år har det varit en het diskussion i cykelvärlden huruvida radiokommunikation ska vara tillåtet, bland annat har det nämnts att resultatet i tävlingarna blir förutsägbara då sportdirektörerna styr loppet och cyklisterna inte behöver tänka själva. Andra har sagt att radiokommunikation behövs av säkerhetsskäl, vid olyckor och dylikt. Under etapperna fanns dock tävlingsradion med säkerhetsinformation tillgänglig för alla cyklister. Cyklisterna fick emellertid inte konversera med sina sportdirektörer genom radion.[2] Efter den första radiofria etappen blev tävlingsledningen tvungen att tillåta radio på etapp 13, då flera av lagen protesterat före och efter den första radiofria etappen.[3]
Spanjoren Alejandro Valverde blev inte uttagen till Caisse d'Epargnes lag för Tour de France. Valverde slutade bland de tio bästa i tävlingen 2007 och 2008 och ansågs vara en av favoriterna till att vinna. Den 11 maj 2009 blev det klart att CONI stängde av spanjoren under två år i Italien,[4] men han fick fortsätta tävla i övriga världen. Emedan en bit av en etapp under Tour de France 2009 emellertid passerade genom Italien fick han därför inte cykla tävlingen.
Den belgiske spurtcyklisten Tom Boonen testades positivt för kokain den 27 april2009, vilket var andra gången på mindre än ett år.[5] Ytterligare några dagar därpå blev det klart att Tom Boonen faktiskt hade testats positivt för kokain tre gånger under sin karriär, den första gången var i slutet av 2007.[6] Tour de France-ledningen, Amaury Sport Organisation (ASO), tillät inte belgaren att cykla Tour de France 2008 och de var länge osäkra på om de tänkte bjuda in den belgiska spurtstjärnan.[7] I juni blev det klart att Tom Boonen inte skulle få deltaga i tävlingen då Amaury Sport organisation sade, att ”Boonens image stämmer inte överens med vår”.[8] Men efter en lång process fick han slutligen deltaga i loppet.
Dopning
Tre dagar innan Tour de France startade blev det känt att nederländaren Thomas Dekker hade testats positivt för EPO under en kontroll utanför tävlingssammanhang under året 2007. Hans stall Silence-Lotto stängde av honom och han blev struken från startlistan.
Efter den första etappen ledde Fabian Cancellara såväl allmänt som på poäng. I den andra etappen bar han den gula tröjan. Alberto Contador hamnade i den första etappen på andra plats i kampen om den gröna tröjan (poängtävlingen), men ledde bergpristävlingen och förverkade på så vis rätten att bära den gröna tröjan. Till följd härav bar tredjeplatscyklisten i det inledande tempoloppet, Bradley Wiggins, den gröna tröjan under etapp 2.[9]
