Electron micrograph of a mitochondrion showing its mitochondrial matrix and membranes
ทฤษฎีเอนโดซิมไบโอติก (อังกฤษ: endosymbiotic theory) หรือซิมไบโอเจเนซิส (อังกฤษ: symbiogenesis) เป็นทฤษฎีทางวิวัฒนาการทฤษฎีหนึ่งที่อธิบายที่มาของเซลล์ยูคาริโอตว่ามาจากเซลล์โปรคาริโอต ทฤษฎีนี้เสนอว่า ออร์กาเนลล์สำคัญๆ ในเซลล์ยูคาริโอต มาจากซิมไบโอซิสของสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่เคยแยกกันอยู่มาก่อน ตามทฤษฎีนี้ ไมโตคอนเดรีย, พลาสทิด (เช่น คลอโรพลาสท์) และอาจรวมถึงออร์กาเนลล์อื่นๆ ล้วนเคยเป็นแบคทีเรียที่มีชีวิตเป็นอิสระ และถูกควบรวมเข้ามาในเซลล์ใหญ่ในฐานะเอนโดซิมไบออนท์ เมื่อราวหนึ่งพันห้าร้อยล้านปีก่อน มีหลักฐานทางโมเลกุลและชีวเคมีที่ชี้นำว่าไมโตคอนเดรียนั้นเคยเป็นโปรตีโอแบคทีเรีย และคลอโรพลาสท์เคยเป็นไซยาโนแบคทีเรีย
