Martin Heinrich Rathke (25 Ağustos 1793 Danzig - 3 Eylül 1860, Königsberg) Alman embriyolog ve anatomici. Karl Ernst von Baer ve Christian Heinrich Pander ile birlikte modern embriyolojinin kurucularından kabul edilir.^[1] Kimyager Bernhard Rathke'nin (1840–1923) babasıdır.

Deniz canlıları ve seks organlarının embriyonik gelişimi üzerine çalışmıştır. Memeli ve kuş embriyolarındaki brankiyal yarıkları ve solugungaç yaylarını (solungaç yarıkları) tanımlayan ilk kişidir.^[2] 1839'da hipofiz bezinin ön lobunun geliştiği, rathke kesesi olarak bilinen embriyonik yapıyı tanımlamıştır.^[3]

Batrakın, daha önce düşünüldüğü gibi yumuşakça larvası değil, ayrı bir takson olduğunu keşfetmiştir. Kabuklular, yumuşakçalar, solucanlar, lemmingler ve çeşitli sürüngenler üzerine çalışmalar yapmıştır.^[1]