У розіграші Ліги Європи УЄФА 2012/13 беруть участь 193 команд з 53 асоціацій УЄФА. Відповідно до місця в таблиці коефіцієнтів УЄФА станом на кінець єврокубкового сезону 2010/11 від кожної асоціації в турнірі бере участь певна кількість команд:
Асоціації, що зайняли місця з 1 по 6: 3 команди
Асоціації, що зайняли місця з 7 по 9: 4 команди
Асоціації, які посіли місця з 10 по 51 (виключаючи Ліхтенштейн, 41 асоціація): 3 команди
Асоціації, які посіли місця з 52 по 53 (Мальта і Сан-Марино): 2 команди
Асоціація Ліхтенштейну: 1 команда
Крім них у розіграші беруть участь
3 команди з країн, що зайняли перші місця в рейтингу Fair Play
15 команд, що програли в третьому кваліфікаційному раунді Ліги чемпіонів УЄФА
10 команд, що програли в четвертому кваліфікаційному раунді Ліги чемпіонів УЄФА
8 команд, що зайняли треті місця в груповому раунді Ліги чемпіонів УЄФА
Перший кваліфікаційний раунд
18 клубів, що зайняли другі місця в асоціаціях з 35 по 53 місце (виключаючи Ліхтенштейн)
29 клубів, що зайняли треті місця в асоціаціях з 22 по 51 місце (виключаючи Ліхтенштейн)
3 клуби, що пройшли за рейтингом «Fair Play»
Другий кваліфікаційний раунд
24 володаря кубків асоціацій, які посіли місця з 30 по 53
16 клубів, що зайняли другі місця в асоціаціях з 19 по 34 місце
6 клубів, що зайняли треті місця в асоціаціях з 16 по 21 місце
6 клубів, що зайняли четверті місця в асоціаціях з 10 по 15 місце
3 клуби, що зайняли п'яті місця в асоціаціях з 7 по 9 місце
25 переможців першого кваліфікаційного раунду
Третій кваліфікаційний раунд
12 володарів кубків асоціацій, які посіли місця з 18 по 29
3 клуби, що зайняли другі місця в асоціаціях з 16 по 18 місце
6 клубів, що зайняли треті місця в асоціаціях з 10 по 15 місце
3 клуби, що зайняли четверті місця в асоціаціях з 7 по 9 місце
3 клуби, що зайняли п'яті місця в асоціаціях з 4 по 6 місце
3 клуби, що зайняли шості місця в асоціаціях з 1 по 3 місце
40 переможців другого кваліфікаційного раунду
Раунд стикових матчів (плей-оф)
17 володарів кубків асоціацій, які посіли місця з 1 по 17
3 клуби, що зайняли треті місця в асоціаціях з 7 по 9 місце
3 клуби, що зайняли четверті місця в асоціаціях з 4 по 6 місце
3 клуби, що зайняли п'яті місця в асоціаціях з 1 по 3 місце
35 переможців третього кваліфікаційного раунду
10 клубів, які вибули після третього кваліфікаційного раунду (чемпіонської кваліфікації) Ліги чемпіонів УЄФА
5 клубів, які вибули після третього кваліфікаційного раунду (нечемпіонской кваліфікації) Ліги чемпіонів УЄФА
Груповий етап
38 переможців четвертого кваліфікаційного раунду
5 клубів, які вибули після четвертого кваліфікаційного раунду (чемпіонської кваліфікації) Ліги чемпіонів УЄФА
5 клубів, які вибули після четвертого кваліфікаційного раунду (нечемпіонской кваліфікації) Ліги чемпіонів УЄФА
Плей-оф
24 команди, що зайняли перші два місця в груповому етапі
8 команд, що зайняли треті місця в груповому етапі Ліги чемпіонів УЄФА
Кваліфікація
У кваліфікаційних раундах і плей-оф команди розподіляються на сіяні та несіяні відповідно до їхнього рейтингу у таблиці коефіцієнтів УЄФА—2012,[2][3] за якими проводиться жеребкування, що розподіляє пари у двоматчевому протистоянні. Команди з однієї країни не грають одна з одною.
Перший кваліфікаційний раунд
Жеребкування першого і другого кваліфікаційного раундів відбулося 25 червня 2012 року.[4] Перші матчі відбулися 5 липня, матчі-відповіді — 12 липня.
У плей-оф візьмуть участь 32 клуби: 24 клуби, що зайняли перші два місця в групах на груповому етапі, і 8 клубів, що зайняли 3-і місця на груповому етапі Ліги чемпіонів.