Фрідріх Єкельн народився 2 лютого 1895 року в місті Горнберг в родині промисловця. 1 жовтня 1913 року вступив в армію. Був учасником Першої світової війни. За бойові заслуги нагороджений Залізним хрестом 2-го класу. Демобілізований у 1919 році.
1 жовтня 1929 року Єкельн вступив в НСДАП (партійний квиток № 163 348), співробітник політичної організації НСДАП. 15 березня 1930 року Фрідріх вступив в СС (службове посвідчення № 4 367) штурмбаннфюрером, служив в загоні СС в Ганновері. У 1932 році обраний депутатом Рейхстагу від Східного Ганновера.
При введенні посад вищих керівників СС і поліції 28 червня 1938 року одержав цей пост в області «Центр» (Ганновер), що об'єднувала територію XI військового округу.
З 23 червня 1941 року був вищим керівником СС і поліції на Півдні Росії. Один з організаторів масового терору в Україні (в тому числі масових вбивств у Бабиному Яру (Київ), Рівному та Дніпропетровську). У серпні 1941 доповів про знищення 44 125 євреїв.
З 1 жовтня 1941 був вищим керівником СС і поліції на Півночі Росії (зі штаб-квартирою в Ризі), з 12 грудня 1941 року також ще командир оберабшніта СС «Остланд». Один з організаторів терору, масових вбивств місцевого населення, депортацій на території Литви, Латвії, Естонії та частини Білорусі.
Користуючись підтримкою місцевих націоналістів, керував широкомасштабним знищенням євреїв в Прибалтиці. Очолив керівництво антипартизанськими операціями, сформувавши бойову групу «Єкельн». У міру наближення фронту до території Прибалтики бойова група «Єкельн» стала використовуватися для затикання дірок на фронті.
На Ризькому процесі за військові злочини засуджений військовим трибуналом Прибалтійського військового округу до смертної кари. Фрідріх Єкельн був повішений 3 лютого 1946 року в Ризі.
Fellgiebel, Walther-Peer (2000) [1986]. Die Träger des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939–1945 — Die Inhaber der höchsten Auszeichnung des Zweiten Weltkrieges aller Wehrmachtteile [The Bearers of the Knight's Cross of the Iron Cross 1939–1945 — The Owners of the Highest Award of the Second World War of all Wehrmacht Branches] (German) . Friedberg, Germany: Podzun-Pallas. ISBN978-3-7909-0284-6.
Patzwall, Klaus D.; Scherzer, Veit (2001). Das Deutsche Kreuz 1941 – 1945 Geschichte und Inhaber Band II [The German Cross 1941 – 1945 History and Recipients Volume 2] (German) . Norderstedt, Germany: Verlag Klaus D. Patzwall. ISBN978-3-931533-45-8.
Scherzer, Veit (2007). Die Ritterkreuzträger 1939–1945 Die Inhaber des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939 von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündeter Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchives [The Knight's Cross Bearers 1939–1945 The Holders of the Knight's Cross of the Iron Cross 1939 by Army, Air Force, Navy, Waffen-SS, Volkssturm and Allied Forces with Germany According to the Documents of the Federal Archives] (German) . Jena, Germany: Scherzers Miltaer-Verlag. ISBN978-3-938845-17-2.
Schulz, Andreas, Wegmann Günter, Zinke, Dieter: Die Generale der Waffen-SS und Polizei: Lammerding-Plesch, Biblio-Verlag, 2003, ISBN 978-3-7648-2375-7.
Thomas, Franz (1998). Die Eichenlaubträger 1939–1945 Band 2: L–Z [The Oak Leaves Bearers 1939–1945 Volume 2: L–Z] (German) . Osnabrück, Germany: Biblio-Verlag. ISBN978-3-7648-2300-9.
Yerger, Mark C. (2005). German Cross in Gold Holders of the SS and Police, Volume 2, "Das Reich: " Karl-Heinz Lorenz to Herbert Zimmermann. San Jose, CA: R. James Bender Publishing. ISBN 0-912138-99-8
Die Wehrmachtberichte 1939–1945 Band 3, 1. Januar 1944 bis 9. Mai 1945 [The Wehrmacht Reports 1939–1945 Volume 3, 1 January 1944 to 9 May 1945] (German) . München, Germany: Deutscher Taschenbuch Verlag GmbH & Co. KG. 1985. ISBN978-3-423-05944-2.
Ezergailis, Andrew (1996). The Holocaust in Latvia 1941–1944 – The Missing Center, Historical Institute of Latvia (in association with the United States Holocaust Memorial Museum) Riga. ISBN 9984-9054-3-8.
Fleming, Gerald (1984) Hitler and the Final Solution, University of California Berkeley. ISBN 0-520-05103-3