Від 1971 редактор офіційного журналу «Вопросы языкознания», директор Інституту російської мови АН СРСР, активний пропагандист політики русифікації народів СРСР.
Праці
Серед праць, які так чи інакше стосуються української мови, можна назвати такі: «Лексика русского литературного языка древнекиевской эпохи» (1949), «Образование языка восточных славян» (1962), «Происхождение русского, украинского и белорусского языков» (1972) та збірки за редакцією Філіна «Вопросы исторической лексикологии и лексикографии восточнославянских языков» (1974) і «Актуальные проблемы исторической лексикологии восточнославянских языков» (Дніпропетровськ, 1975). У своїх історичних працях боронить теорію давньої східнослов'янської єдності, але підкреслює локальні відмінності як діалектні.
Зловісна роль Федота Філіна в історії радянського мовознавства ще чекає на свого літописця. В ньому було щось диявольське. Він і помер, як належить злому чаклунові, в день похорон Р. І. Аванесова, з яким він потай, але вперто боровся…
— Володимир Андрійович Успенський, математик, фахівець із математичної лінгвістики