1895年成立聖公會四川教區,教座設於保寧聖約翰座堂。後於1936年分作兩個教區:聖公會東川教區(Diocese of East Szechwan),教座沿用保寧聖約翰座堂,和聖公會西川教區(Diocese of West Szechwan),教座設於成都聖約翰堂。同年10月18日,蓋士利在倫敦西敏寺被按立為首任四川主教。此外,這一年成都爆發了一起大規模的反教運動,並逐漸蔓延到其他城市[25]。在成都,天主教和三個新教差會的教產被毀[26];所有在川傳教士,無論天主教或新教,幾乎都是死裡逃生[27]。
《華西教會新聞》得以創刊有賴於1899年1月舉辦的重慶基督教新教研討會,研討會的成果還包括創辦華西聖教書會(West China Religious Tract Society)和華西差會顧問部(West China Missionary Advisory Board)。1890年代末對在川新教差會而言是一段平穩發展的時期,直到1900年義和團運動爆發,迫使各國領事館命令所有傳教士轉移至沿海地區暫避[30]。
基督新教差會在川渝創辦學校、醫院、體育館、出版社、慈善機構,比如華西協合大學、成都福音醫院、綿陽南山中學、重慶求精中學等等,成都基督教青年會修建的球場是成都近代首次出現的正規球場[75]。教會創辦的期刊如《華西教會新聞》和《華西邊疆研究學會雜誌》除了普及基督教教義及報導教會新聞,還負責研究四川本地和康藏地區的歷史、語言、宗教、習俗、醫學、考古學、民族學、自然環境等等。倫敦內地會傳教士鍾秀芝(Adam Grainger)於1900年編著的《西蜀方言》(Western Mandarin, or the Spoken Language of Western China; with Syllabic and English Indexes),和加拿大美道會傳教士啟爾德於1917年編寫出版的《華西第一年學生用中文教材》(Chinese Lessons for First Year Students in West China),收錄了在巴蜀地區常用的詞語、短語和句子,按照四川話口語以拉丁字母注音並配以英文釋義。這些機構和出版物為四川教育、文化和科學傳播做出貢獻。
民國時期的新教教會和菲律賓美生總會(英语:Grand Lodge of the Philippines)轄下之第112分會的川廬(Szechwan Lodge No. 112;1949年後歸屬遷臺的中國美生總會)關係密切,除了聚會地點位於新教差會在成都開辦的華西協合大學[76],數名會長亦是傳教士。比如美北浸禮會傳教士葛維漢[77]、美以美會傳教士黃安素[78]、加拿大美道會傳教士韋林士(Thomas Harry Williams)[79]、布理士(Albert James Brace)[80]。其中布理士是華西邊疆研究學會(West China Border Research Society)的創始人之一[81];葛維漢通過英國聖公會傳教士董宜篤和美北浸禮會傳教士戴謙和(Daniel Sheets Dye)提供的資料了解到三星堆遺址所出文物,並於1934年組織了首次發掘工作。之後寫成〈漢州發掘簡報〉("A Preliminary Report of the Hanchow Excavation")發表於《華西邊疆研究學會雜誌》[39]。
華西邊疆研究學會成立於1922年,在此之前,四川地區就已經設立了幾個以傳教士主導創辦的學術機構如成都協會(Chentu Association)、成都雙週俱樂部(Fort-nightly Club of Chentu)、週六俱樂部(Saturday Club)等,傳教士在這些機構的聚會中宣讀討論各自的文章[82]。華西邊疆研究學會的成員認為,上述機構可以看成是學會的先驅者,也是學會成立的基礎[83]。
此外,據王怡牧師的考證,新教教會在四川開創的多個「第一」包括——最早進入四川的傳教士是倫敦傳道會的楊格非和大英聖經公會(英语:British and Foreign Bible Society)的偉烈亞力,抵川時間是1868年。第一個進入藏區的傳教士是倫敦內地會的康慕倫(James Cameron),他於1876年12月經湖北進入四川到達打箭爐,再經理塘、巴塘進入西藏,被稱為「中國的李文斯頓」。第一間教會由內地會傳教士麥嘉底(John McCarthy)於1877年5月在重慶開設;同年,麥嘉底在重慶開辦第一家診所,首次將西醫西藥傳入四川。第一位進入四川的女傳教士是內地會的克拉克夫人,抵川時間是1878年。第一間成都教會,1881年,內地會傳教士克納克率先在成都租房傳教,繼而有侃莫和勒克在成都正通順街37號設立第一間教會。第一次公共崇拜於1884年由美國衛理公會的美以美會差會在重慶舉辦。第一間藏區教堂於1897年由內地會的杜西德(英语:Cecil Polhill)和另外四位傳教士在打箭爐設立,即現在的康定福音堂(英语:Gospel Church, Kangding)。第一次反對纏足運動於1880年代由美以美會差會的女傳教士昊格矩(英语:Gertrude Howe)在重慶舉辦。第一所女子學校於1887年由美以美會差會的女傳教士柯立亞在重慶戴家巷開辦;後遷往成都,1908年更名為華美女子中學;1951年被共產黨政府接管更名為成都市第十中學。第一所成都女子學校於1896年由加拿大衛理公會的美道會女傳教士白寶玉在成都方正東街72號開辦,名為華英女校;1952年被共產黨政府接管更名為成都市第十一中學。第一家醫院於1892年10月由美以美會醫生馬嘉禮(James H. McCartney)在重慶臨江路戴家巷開辦,名為寬仁醫院,現為重慶醫科大學附屬第二醫院。第一間育嬰堂,1891年,美道會女醫生福吉麗到成都收養被遺棄的女嬰;1895年,成都爆發教案,福吉麗受驚離世;1896年,美道會為紀念她,在成都四聖祠創辦了第一座育嬰堂。第一所中學,重慶求精中學,由美以美會傳教士鹿依士(Spencer Lewis)於1894年開辦,為西南各省最早的新學堂,著名畫家張大千曾就讀此校。第一家出版社兼印刷廠華英書局(Canadian Methodist Mission Press),於1897年由美道會傳教士赫斐秋在嘉定府(今樂山市)設立,1903年遷往成都;1951年被共產黨政府接管更名為成都印刷廠[84]。
第一個足球場於1900年在重慶廣益中學興建;該校創辦人英國公誼會差會傳教士陶維義(Alfred Davidson)曾是英國皇家足球隊隊員,1894年入川時便隨身攜帶足球一隻。第一所神學院於1902年由內地會英國聖公會傳教士姚明哲(英语:W. H. Aldis)在保寧府(今閬中市)開辦,後發展為天道學堂,是隸屬聖公會四川教區的神學院。第一家孤兒院於1904年由澳大利亞女傳教士貝水光在保寧府創辦。第一家幼稚園,司司里亞幼稚園,於1905年由美國浸禮會女傳教士唐彼美在叙州府(今宜賓市)魯家園街開辦。第一位四川籍牧師古鶴齡於1906年由聖公會四川教區主教蓋士利按立。第一所教會大學,華西協合大學於1910年在成都開辦。第一個牙科於1917年在華西協合大學設立,成為全國最早開設牙科的學校。第一所養老院於1917年由英國聖公會傳教士陳敬修(G. F. Denham)夫妻在梁平縣(今重慶梁平區)縣城東門外興建。第一所盲啞學校於1918年由英國聖公會差會傳教士裴成章(Alfred Arthur Phillips)在綿陽縣(今綿陽市)黃家巷開辦。第一所藏區醫院於1919年由美國基督會差會傳教士史德文在巴塘縣興建;該院的影響遍及全藏,不少人從拉薩遠道而來就醫。第一所培養助產士的醫學校於1931年由美國衛理公會女傳教士滿秀實(Marian Manly)在成都文廟後街開辦。第一個全國性大學生福音復興運動團體,自1944年起,開始出現在成都華西壩和重慶沙坪壩。第一次倡導家庭教會,1949年2月,路德宗在重慶萬縣討論《應變草案》,提出共產黨入川後,禮拜堂若無法維持,可分散到教友家中聚會。同年5月,衛理公會華西會督陳文淵在重慶基督教應變會議上發表演講《動盪時期之基督化家庭觀》[84]。
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