Karena Holozoa adalah klad semua organisme yang lebih dekat hubungannya dengan binatang daripada jamur, beberapa penulis lebih suka mengenali kelompok parafili seperti Choanozoa, yang sebagian besar terdiri dari Holozoa tanpa hewan.[6]
Mungkin holozoa yang paling dikenal, selain binatang, adalah choanoflagellate, yang sangat menyerupai sel kerah spons, dan berteori juga terkait dengan spons bahkan pada abad ke-19. Proterospongia adalah contoh choanoflagellate kolonial yang dapat menjelaskan asal usul spons.
Afinitas holozoa sel tunggal lainnya baru mulai dikenali pada 1990-an.[7] Sub-klasifikasi Icthyosporea atau Mesomycetozoea mengandung sejumlah besar spesies parasit. Genera amoeba Ministeria dan Capsaspora mungkin dalam satu grup bernama Filasterea karena adanya Pseudopodia. Bersama choanoflagellata, filasterea mungkin berhubungan dengan hewan, dan satu analisis mengelompokkan mereka sebagai klad Filozoa.[3]
Filogeni
Pohon filogeni holozoa berdasarkan analisis multigen pada tahun 2011 ditunjukkan di bawah ini. Diperkirakan berapa juta tahun yang lalu, klad terbagi menjadi beberapa klad yang lebih baru.[8][9][10] Pohon holomycota menurut Tedersoo.[11]
^
Tatiàn, Marcos; Antacli, Julieta Maria; Sahade, Ricardo (2005). "Ascidians (Tunicata, Ascidiacea): species distribution along the Scotia Arc". Scientia Marina. 69 (suppl. 2): 205–214.
^
Steenkamp, Emma T.; Wright, Jane; Baldauf, Sandra L. (January 2006). "The Protistan Origins of Animals and Fungi". Molecular Biology & Evolution. 23 (1): 93–106. doi:10.1093/molbev/msj011. PMID16151185.
