Sejak kanak, di SD, ia sudah tertarik pada kehidupan politik, lewat koran-koran yang rajin dibacanya. Pemilu 1955 — 12 tahun usia Muhaimin saat itu — memberi kesempatan padanya menyaksikan kaum politisi berebut massa melalui rapat-rapat umum yang mereka adakan. ‘’Namun yang terpikirkan saya waktu itu, bagaimana menjadi dokter atau diplomat karier,’’ tutur ahli hubungan internasional ini.
Muhaimin juga dikenal sebagai pengamat politik, militer, bidang yang pernah begitu traumatis baginya. Soalnya, daerah kelahirannya di Bumiayu, Jawa Tengah, dahulu menjadi ajang pertempuran antara TNI dan Darul Islam (DI). ‘’Derap sepatu lars, deru kendaraan perang, aba-aba militer, desingan peluru, dan ledakan mortir hampir rutin bagi saya,’’ katanya mengenang masa kecilnya.
Profesi lain yang pernah dicoba dihindarinya adalah menjadi guru. Padahal, ibunya, seorang pendidik, pernah membujuk agar Yahya mau menjadi pengajar. Namun, dua tahun setelah merampungkan studi Fakultas Ilmu Sosial dan Politik UGM, 1973, anak kedua dari tujuh bersaudara ini mulai menyadari, menjadi guru baginya memang tidak terelakkan. Ia kemudian tercatat sebagai dosen hubungan internasional di alma maternya.
Sekitar 11 tahun kemudian, putra seorang wiraswasta itu pergi ke Institut Teknologi Massachusetts, AS, dan meraih gelar doktor ilmu politik dengan disertasi The Politic of Client Businessmen; Indonesian Economic Policy 1950-1980. Selama dua tahun berikutnya Muhaimin mengelola Program S2 Fakultas Sospol UGM.
Ia menganggap, industri persenjataan adalah program mahal, mungkin juga mewah. Tetapi bagi Indonesia swadaya itu perlu.
Ia menikah dengan Choifah yang kini jadi ibu empat anaknya. Ia juga menjadi kolumnis untuk beberapa majalah dan surat kabar. Selain itu ia juga menulis buku Masalah-Masalah Pembangunan Politik (1977) dan Perkembangan Militer dalam Politik di Indonesia (1982, revisi), keduanya diterbitkan oleh Gadjah Mada Press.
