In seinen Forschungsarbeiten befasst sich Cline mit der Archäologie der Levante, Biblischer Archäologie, Militärgeschichte und den internationalen Beziehungen des Mittelmeerraumes in der Bronzezeit.
Sailing the Wine-Dark Sea. International Trade and the Late Bronze Age Aegean. British Archaeological Reports, Oxford 1994/2009, ISBN 978-1-4073-0417-5 (= Dissertation).
mit Diane Harris-Cline (Hrsg.): The Aegean and the Orient in the Second Millennium. Proceedings of the 50th Anniversary Symposium, Cincinnati, 18–20 April 1997 (= Aegaeum Bd. 18). Lüttich 1998 (Digitalisat).
David O’Connor (Hrsg.): Amenhotep III: Perspectives on His Reign. University of Michigan Press, Ann Arbor 1998/2001, ISBN 978-0-472-08833-1.
The Battles of Armageddon. Megiddo and the Jezreel Valley from the Bronze Age to the Nuclear Age. University of Michigan Press, Ann Arbor 2000, ISBN 978-0-472-09739-5.
Jerusalem Besieged. From Ancient Canaan to Modern Israel. University of Michigan Press, Ann Arbor 2004, ISBN 978-0-472-11313-2.
mit Jill Rubalcaba: The Ancient Egyptian World. Oxford University Press, Oxford 2005, ISBN 978-0-19-522244-9.
mit David O’Connor (Hrsg.): Thutmose III. A New Biography. University of Michigan Press, Ann Arbor 2006, ISBN 978-0-472-11467-2.
From Eden to Exile. Unraveling Mysteries of the Bible. National Geographic 2007, ISBN 978-1-4262-0084-7.
deutsche Übersetzung von Michael Sailer: Warum die Arche nie gefunden wird. Biblische Geschichten archäologisch entschlüsselt, Theiss, Darmstadt 2016, ISBN 978-3-8062-3385-8.
Biblical Archaeology. A Very Short Introduction. Oxford University Press, Oxford 2009, ISBN 978-0-19-534263-5.
deutsche Übersetzung von Karin Schuler: Biblische Archäologie. Eine kleine Einführung. Reclam, Stuttgart 2012, ISBN 978-3-15-018857-6.
deutsche Übersetzung von Karin Schuler: Biblische Archäologie. Von Genezareth bis Qumran. Zabern, Darmstadt 2016, ISBN 978-3-8053-4978-9.
(Hrsg.): The Oxford Handbook of the Bronze Age Aegean. Oxford University Press, Oxford 2010, ISBN 978-0-19-536550-4.
mit Jill Rubalcaba: Digging for Troy. From Homer to Hisarlik. Charlesbridge 2011, ISBN 978-1-58089-326-8.
mit Mark W. Graham: Ancient Empires: From Mesopotamia to the Rise of Islam. Cambridge University Press, Cambridge 2011, ISBN 978-0-521-88911-7.
mit Gary M. Beckman und Trevor R. Bryce: The Ahhiyawa Texts (Writings from the Ancient World). Society of Biblical Literature 2011, ISBN 978-1-58983-268-8.
mit David O’Connor: Ramesses III. The Life and Times of Egypt’s Last Hero. University of Michigan Press, Ann Arbor 2012, ISBN 978-0-472-11760-4.
The Trojan War. A Very Short Introduction. Oxford University Press, Oxford 2013, ISBN 978-0-19-976027-5.
1177 BC. The Year Civilization Collapsed. Princeton University Press, Princeton 2014, ISBN 978-0-691-14089-6.
Three Stones Make a Wall. The Story of Archaeology. Princeton University Press, Princeton 2017, ISBN 978-3-421-04801-1.
deutsche Übersetzung von Cornelius Hartz: Versunkene Welten und wie man sie findet. Auf den Spuren genialer Entdecker und Archäologen. DVA, München 2018, ISBN 978-3-421-04801-1.
Digging Up Armageddon. The Search for the Lost City of Solomon. Princeton University Press, Princeton 2020, ISBN 978-0-691-16632-2.
deutsche Übersetzung von Cornelius Hartz: Armageddon. Auf der Suche nach der biblischen Stadt Salomos. Theiss, Darmstadt 2021. ISBN 978-3-8062-4341-3.
mit Glynnis Fawkes: 1177 BC. A Graphic History. Princeton University Press, Princeton 2024, ISBN 978-0-691-21302-6.
After 1177 B.C. The Survival of Civilizations. Princeton University press, Princeton (N.J.) 2024, ISBN 978-0-691-19213-0.