Thilos Erfahrungen im Kriegsdienst, seine Verwundung bei Kiew und seine Kriegsgefangenschaft, zunächst in Kanada, dann in England, führten ihn zu einem Umdenken und Neuanfang. Im Dezember 1947 kehrte er nach Deutschland zurück und erhielt eine Pfarrstelle der Kirchengemeinde am Lietzensee in Berlin-Witzleben. Gleichzeitig baute er hier die kirchliche Beratungsarbeit auf. Von 1956 bis 1961 wirkte er an der Deutschen Evangelisch-Lutherischen Kirche in Genf. Anschließend war er Referent an der Evangelischen Akademie Bad Boll, bis er 1966 zum Pastor der Marienkirche in Lübeck berufen wurde, wo er bis zu seiner Pensionierung wirkte.
1973 habilitierte er sich an der Universität Hamburg für das Fach Praktische Theologie. Er blieb Gemeindepastor, hielt jedoch regelmäßig Lehrveranstaltungen in Hamburg. 1979 wurde ihm der Titel Professor verliehen.
Werk
Thilo war einer der ersten, die evangelische Theologie und Tiefenpsychologie miteinander ins Gespräch brachten. Sein Hauptwerk erschien 1957 unter dem Titel Der ungespaltene Mensch und wurde auch ins Niederländische und Englische übersetzt. Neben kleineren Schriften zu Beratung und Seelsorge wurde Die therapeutische Funktion des Gottesdienstes ein weiterer Schwerpunkt. Seine Erfahrungen mit Nationalsozialismus und Zweitem Weltkrieg verarbeitete er unter dem Titel Unter den Narben tut es noch weh.
Schriften
Der Einfluss des völkischen Erwachens auf das deutsche religiöse Leben. Jena, Theol. Diss., 1940
The christian church comes to life, in Guthrie Moir Hg.: Beyond hatred. Lutterworth, London 1969, S. 115 – 126 (zu seiner Kriegsgefangenschaft)
Chancen des XX. Jahrhunderts. Hamburg: Agentur des Rauhen Hauses, 1964
Beten-wie macht man das? Hamburg: Agentur des Rauhen Hauses, 1961
Wenn der Geduldsfaden reisst. Hamburg: Agentur des Rauhen Hauses, 1959; 3., neubearbeitete und erweiterte Auflage 1970
Sex, Liebe, Kinder, und was evangelische Christen dazu sagen. Hamburg: Agentur des Rauhen Hauses 1969
Psyche und Wort. Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1974
Der Weg zu zweit. Ein Ehekursbuch. Hamburg: Agentur des Rauhen Hauses, 1975; 3. Auflage 1981
Ehe ohne Norm? Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1978
mit Hubert Feiereis: Basiswissen Psychotherapie. Kleines Repetitorium des wichtigsten Grundbegriffe tiefenpsychologisch orientierter Psychotherapie. Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1980, ISBN 3-525-62179-5
Die therapeutische Funktion des Gottesdienstes. Kassel: Stauda, 1985
Beratende Seelsorge. Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1971, 3. Auflage 1986
Auf unsere alten Tage. Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1987
Frömmigkeit. München: Kösel, 1991
Zwischen Zärtlichkeit und Zorn. Stuttgart: Quell, 1992
Wie ein Stachel im Fleisch. München: Kösel, 1993
Unter den Narben tut es noch weh. Göttingen: Vandenhoeck und Ruprecht, 1996
Die andere Wahrheit. Von der Macht des geistlichen Dialoges. Münster: Lit, 2002
Literatur
Ruth-Erika Kölsch: Pastoralpsychologie als Suchbewegung und Erfüllung in Begegnung und Verantwortung. Hans-Joachim Thilo – Leben und Werk. Münster; Hamburg; London: Lit 2001 (Forum Theologie und Psychologie; Bd. 4), zugl.: Bonn, Univ., Diss., 2001, ISBN 3-8258-5527-9