Die Mannschaft wurde im Jahr 2007 für die neu geschaffene U-17-Europameisterschaft gegründet und tritt seither in der EM-Qualifikation für Litauen an. Zumeist belegt das Team jedoch in der ersten Qualifikationsrunde den letzten Platz in seiner Gruppe. Einzig im Jahr 2018 qualifizierte sich die litauische U-17-Auswahl als Gastgeber erstmals für eine Europameisterschaft, schied jedoch nach drei deutlichen Niederlagen in der Vorrunde gegen die Niederlande (0:9), Finnland (0:4) und Deutschland (0:8) ohne Punkte und mit 0:21 Toren aus. Litauen ist damit neben Bosnien und Herzegowina (2022) der einzige EM-Teilnehmer in dieser Altersklasse, dem kein eigener Treffer bei der Endrunde gelungen ist.