Die Primera División 1946, auch unter dem Namen 1946 Campeonato Nacional de Fútbol Profesional bekannt, war die 14. Saison der Primera División, der höchsten Spielklasse im Fußball in Chile.
Die Meisterschaft gewann das Team von Audax Italiano. Es war der zweite Meisterschaftstitel für den Klub.
Die dreizehn Teams spielen in der ersten Phase jeder gegen jeden mit Hin- und Rückspiel. Die Teams auf den ersten sechs Plätzen und die Teams auf den Plätzen sieben bis dreizehn spielen untereinander erneut einfach gegeneinander. Diese Ergebnisse werden auf die Tabelle der ersten Phase addiert, wobei die Teams der Meisterrunde nicht schlechter als Platz sechs abschließen können. Sieger ist die Mannschaft mit den meisten Punkten der Gesamttabelle der Meisterrunde. Bei Punktgleichheit entscheidet das Torverhältnis. Der Tabellenletzte steigt in die zweite Liga ab. Sollte ein Gründungsmitglied auf dem Abstiegsplatz stehen, gibt es keinen Absteiger.