Die Apertura der Primera División 2006, auch unter dem Namen Campeonato Nacional Apertura Copa Banco del Estado 2006 bekannt, war die 79. Spielzeit der Primera División, der höchsten Spielklasse im Fußball in Chile. Die Saison begann am 27. Januar und endete am 2. Juli.
Die Saison wurde wie bereits in den Vorjahren in zwei eigenständige Halbjahresmeisterschaften, der Apertura und Clausura, unterteilt. Deportes Concepción wurde wegen finanzieller Probleme von der Saison 2006 ausgeschlossen.
Für die Copa Sudamericana 2006 qualifizierten sich die beiden punktbesten Teams der Ligaphase CSD Colo-Colo und CD Huachipato. Die Absteiger werden anhand der Gesamttabelle am Ende der Clausura ermittelt.
Die 20 Teams spielen einmalig jeder gegen jeden. Aufgegliedert in vier Gruppen à 5 Teams kommt Gruppensieger in die Finalrunde. Dazu kommen die beiden besten Gruppenzweiten sowie die beiden Sieger aus den Entscheidungsspielen zwischen den beiden weiteren Gruppenzweiten und den beiden punktbesten Teams, die noch nicht qualifiziert sind. Bei Unentschieden kommt das Team mit mehr Punkten aus der Ligaphase in die Finalrunde.
Die Finalrunde findet im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel statt. Sieger ist das Team mit mehr Toren in beiden Spielen. Die Auswärtstorregel findet keine Anwendung, sondern bei Torgleichstand geht es ins Elfmeterschießen. Für die Copa Sudamericana qualifizieren sich die beiden punktbesten Mannschaften der Ligaphase. Die Absteiger werden am Ende der Clausura anhand der Gesamttabelle ermittelt.