Die Clausura der Primera División 2006, auch unter dem Namen Campeonato Nacional Clausura Copa Banco del Estado 2006 bekannt, war die 80. Spielzeit der Primera División, der höchsten Spielklasse im Fußball in Chile. Beginn der Saison war der 15. Juli und sie endete am 23. Dezember.
Die Saison wurde wie in den Vorjahren in zwei eigenständige Halbjahresmeisterschaften, der Apertura und Clausura, unterteilt. Deportes Concepción wurde wegen finanzieller Probleme von der gesamten Saison 2006 ausgeschlossen.
Die Meisterschaft gewann Titelverteidiger CSD Colo-Colo, das im Finale Audax Italiano besiegen konnte. Für den Klub war es der insgesamt 25. Meisterschaftstitel, der als Apertura-Meister schon für die Copa Libertadores 2007 qualifiziert war. Neben Colo-Colo qualifizierten sich auch der Finalist Audax Italiano und als punktbestes Team der Gesamttabelle CD Cobreloa.
Die 19 Teams spielen einmalig jeder gegen jeden. Aufgegliedert in drei Gruppen à 5 sowie einer Gruppe mit vier Teams kommt Gruppensieger in die Finalrunde. Dazu kommen die drei besten Gruppenzweiten sowie der Sieger aus dem Entscheidungsspiel zwischen dem vierten Gruppenzweiten und dem punktbesten Team, das noch nicht qualifiziert ist. Bei einem Unentschieden kommt das Team mit mehr Punkten aus der Ligaphase in die Finalrunde.
Die Finalrunde findet im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel statt. Sieger ist das Team mit mehr Toren in beiden Spielen. Die Auswärtstorregel findet keine Anwendung, sondern bei Torgleichstand geht es ins Elfmeterschießen. Für die Copa Libertadores qualifizieren sich die beiden Meister sowie das punktbeste Team. Die Absteiger werden am Ende der Clausura anhand des Punktedurchschnitts der letzten drei Jahre ermittelt. Die beiden letzten Vereine steigen direkt ab, die beiden Teams auf den Plätzen 17 und 18 spielen Relegationsspiele gegen die qualifizierten Zweitligisten.
Für die Gesamttabelle werden die Ergebnisse der Ligaphase der Apertura und der Clausura addiert. Das punktbeste Team qualifiziert sich für die Copa Libertadores. Ist dieses bereits als Meister qualifiziert, rückt das nächste Team nach. Das schlechtplatzierteste Team steigt direkt ab, Platz 17 und 18 nehmen an den Relegationsspielen gegen Zweitligisten teil.