Il entre au CNRS et est directeur de recherche au Centre d’histoire et de civilisation de Byzance, devenu UMR 8167 « Orient & Méditerranée ». Il est mis à disposition de l’École française de Rome, consacrant ses recherches à l’histoire, encore méconnue à cette époque, de l’Italie méridionale au Moyen Âge[1].
Influencé par Marc Bloch et Pierre Toubert, il étudie les dimensions économiques, sociales, politiques et sociales de l'histoire du Mezzogiorno, abordée dans une période longue[4]. Toubert dirige sa thèse de troisième cycle, consacrée à l'édition critique des plus anciens documents de l'Archivio Capitolare de Troia (1024-1266), préparée à partir de 1966 et soutenue en 1972[5], puis sa thèse d’État, La Pouille et la Basilicate orientale du VIe siècle à la fin du XIIe siècle, soutenue en 1990[6].
Il publie plus de 400 ouvrages savants ou grand public[1] et 350 articles[4] en français et en italien. Il est l'un des organisateurs de l’atelier doctoral annuel « Mondes méditerranéens et Italie méridionale au Moyen Âge » à l’université de Salerne et participe au projet « MECA. Medieval European Cartularies » de l’École française de Rome[1].
Outre la publication des chartes de Troia en 1976 tirée de la thèse[4],[7], on lui doit la publication critique du Registre de Pierre Diacre[8] en 2015, à l'issue de 17 ans de travail[4]. En 1993, il publie un ouvrage tiré de sa thèse, La Pouille du VIe au XIIe siècle[4] et connait un succès public avec Italies normandes. XIe – XIIe siècles paru dans la collection « La Vie quotidienne », chez Hachette, en 1994[4], puis en italien, chez Rizzoli.
En 2008, Errico Cuozzo, Vincent Déroche, Annick Peters-Custot et Vivien Prigent, lui consacrent le volume Puer Apuliae. Mélanges offerts à Jean-Marie Martin[1].
↑Pierre Toubert, « Histoire de l'Italie médiévale », Annuaires de l'École pratique des hautes études, vol. 99, no 1, , p. 353–358 (lire en ligne, consulté le )
↑Pierre Toubert, « Histoire de l'Italie médiévale », Annuaires de l'École pratique des hautes études, vol. 102, no 1, , p. 463–465 (lire en ligne, consulté le )
↑ a et bPierre Toubert, « Histoire de l'Italie médiévale », Annuaires de l'École pratique des hautes études, vol. 104, no 1, , p. 451–452 (lire en ligne, consulté le )
↑Jean-Marie Martin, La Pouille et la Basilicate orientale du VIe siècle à la fin du XIIe siècle, Paris 1, (lire en ligne)
↑Léon-Robert Ménager, « Jean-Marie Martin. — Les chartes de Troia. Édition et étude critique des plus anciens documents conservés à l'Archivio Capitolare. I (1024-1266), 1976 », Cahiers de Civilisation Médiévale, vol. 22, no 88, , p. 404–409 (lire en ligne, consulté le )
↑Georges Pon, « Registrum Petri Diaconi (Montecassino, Archivio dell’Abbazia, Reg. 3), Jean-Marie Martin, Pierre Chastang, Errico Cuozzo », Cahiers de civilisation médiévale. Xe – XIIe siècle, no 237, , p. 98–99 (ISSN0007-9731, lire en ligne, consulté le )