Il expose dès 1840 au Salon où il est médaillé en 1847 pour Les Romains de la décadence (Paris, musée d'Orsay). Le , il est nommé chevalier de la Légion d'honneur. Peu après ce succès, Thomas Couture ouvre un atelier[2] indépendant qui concurrence l'École des beaux-arts en formant les meilleurs talents de la peinture historique. Tout au long de sa vie il forma des artistes dont Pierre Puvis de Chavannes, qui resta peu longtemps, Édouard Manet qui, malgré ses rapports conflictuels avec Couture, fréquenta son atelier durant six ans et demi[3], ou l'Américain Charles Caryl Coleman. Il a également influencé des peintres comme Fritz Zuber-Bühler[4].
Dès la fin des années 1840, il obtient des commandes de l'État et du clergé pour des peintures murales, cependant il n'achèvera jamais les deux premières commandes, tandis que la troisième rencontre peu de succès.
Jules Desfossé, qui fonda la manufacture de papiers peints Desfossé en 1851, commanda à Thomas Couture un tableau Les Prodigues ou Le Souper de Pierrot ou Le Souper à la maison d'Or[5], afin d'être présenté à l'Exposition universelle de 1855, dans le cadre du panorama des jardins des Champs-Élysées. Ce tableau représente des personnages attablés après une nuit d'orgie. À côté de ce tableau, Jules Desfossé présente L'Automne d'Auguste Clésinger et Le Jardin d'Armide d'Édouard Muller.
Déçu, il quitte Paris en 1860 et retourne à Senlis, sa ville natale, où il poursuit son enseignement.
En 1867, il publie Méthode et entretiens d'atelier[6], un ouvrage détaillant ses conceptions sur l'art et sa technique.
À un éditeur qui lui propose d'écrire une autobiographie, Thomas Couture répond : « La biographie est l'exaltation de la personnalité… et la personnalité est le fléau de notre époque[7] ».
Saint Rieul, vers 1860-1869, huile sur toile[30] ;
Tête d’ange, étude pour Mater Salvatoris, décor de la chapelle de la Vierge à l’église Saint-Eustache (Paris), entre 1851 et 1854, huile sur toile[31] ;
↑Dès ses premiers jours à l'atelier, Manet disait : « Je ne sais pas pourquoi je suis ici ; quand j'arrive à l'atelier, il me semble que j'entre dans une tombe. » − cité par Paul Jamot, d'après les souvenirs d'Antonin Proust, dans son article « Manet », Revue de Paris, 1932.
Marie-Jeanne Grosset-Clergeau, Catalogue raisonné des peintures de Thomas Couture demeurées dans les collections publiques en France : Thèse de 3e cycle en Histoire de l’art Paris 4, 1987, Lille 3, ANRT, , 5 microfiches ; 11 x 15 cm (OCLC468707810).
Bénédicte Ottinger (Exposition tenue au Musée d’art et d’archéologie, Senlis, sept. 2003), Thomas Couture, 1815-1879 : portraits d’une époque, Paris, Somogy, coll. « Cahiers Thomas Couture, no 2 », , 63 p., ill. (certaines en coul.) ; 24 cm (ISBN978-2-85056-684-4, OCLC757422027, lire en ligne).