1845 թ. վերադարձել է Կ.Պոլիս, ծավալել մանկավարժական-հասարակական լայն գործունեություն։ Եղել է ժամանակի նշանավոր մանկավարժներից մեկը։ Հայոց լեզու և գրականություն, ֆրանսերեն է դասավանդել Թարգմանչաց, Լուսավորչյան և Հռիփսիմյանց վարժարաններում։ Մեծ դեր է խաղացել օտարախոս հայ մանուկներին մայրենի լեզու ուսուցանելու գործում։ Մկրտիչ Պեշիկթաշլյանի ջանքերով է հայերեն սովորել ապագա վիպասանուհի Սրբուհի Տյուսաբը։ 1846 թ. Պեշիկթաշլյանի նախաձեռնությամբ հիմնադրվել է Համազգյաց ընկերությունը, որի գաղափարական ղեկավարն է եղել։ Եղել է հայ նոր քնարերգության և արևմտահայ կանոնավոր մշտական թատրոնի հիմնադիրը։
1856 թ. Օրթագյուղի Լուսավորչական վարժարանի սրահում տրվել են նրա կազմակերպած թատերախմբի առաջին ներկայացումները՝ Պեշիկթաշլյան՝ «Կոռնակ», Մետաստազիո՝ «Թեմիստոկլես», Պետրոս Մինասյան՝ «Խոսրով Մեծ»։
Ստեղծագործություններ
Պատմական ողբերգություններ
«Կոռնակ»
«Արշակ»
«Վահե»
«Վահան»
Թարգմանական պիեսներ
Վոլտերի «Մահ կեսարու»
Վ. Ալֆիերիի «Սավուղ», «Բրուտոս Ա»
Երաժշտական կատակերգություններ
«Կատակերգություն երից քաջաց»
«Կատակերգություն ավազակաց» (1909)
Բանաստեղծություններ
«Զբոսանք Արտաշեսի Առաջնո» (1849, տպագրվել է«Բազմավեպ»-ում)
«Հրավեր ի մարտ Խոսրովու Մեծի»
«Ի նահատակություն Վարդանանց»
«Դյուցազունք հայոց»
«Գիշեր»
«Առ Հ. Ղևոնդ Ալիշան»
«Եղբայր եմք մենք»
«Գարուն»
«Ալ զեփյուռն Ալեմտաղիի»
«Ճեմք ի լյառն Հսկային»
«Հնացեք իմ տաղք»
«Աշուն»
«Քնար կուսին»
«Քնար և շիրիմ»
«Երգ մօր ի վերայ մանկան ննջելոյ»։ «Բազմավէպ», 1851, № 3:
.svg){kind=small}
