Padre Stanley Jaki è morto in Madrid (Spagna), nel reparto di rianimazione della clinica de la Conception, il 7 aprile 2009 alle ore 13.15 circa (ora locale). Padre Jaki si trovava in Spagna per visitare alcuni amici, prima di tornare in USA. Aveva tenuto in Italia alcune lezioni al master in scienza e fede del pontificio Ateneo Regina Apostolorum. La morte è dovuta alle conseguenze di un infarto sofferto (senza rendersene conto) mentre era ancora a Roma. La salma di Padre Jaki è stata successivamente trasportata in Ungheria, ov'è stato celebrato il funerale il 29 aprile 2009 nell'Abbazia territoriale di Pannonhalma dall'abate, vescovo Asztrik Várszegi. La salma riposa nella cripta della cappella di Nostra Signora, luogo di sepoltura per i monaci dell'abbazia.
Opere
1966. The Relevance of Physics. University of Chicago Press.
1969. Brain, Mind and Computers. Herder & Herder.
1969. The Paradox of Olbers' Paradox. Herder & Herder.
1973. The Milky Way: an Elusive Road for Science. New York: Science History Publications.
1974. Science and Creation: From Eternal Cycles to an Oscillating Univers. Edinburgh: Scottish Academic Press.
1978. Planets and Planetarians. A History of Theories of the Origin of Planetary Systems. John Wiley & Edinburgh: Scottish Academic Press.
1978. The Road of Science and the Ways to God. University of Chicago Press, and Edinburgh: Scottish Academic Press. ISBN 0-226-39145-0
1978. The Origin of Science and the Science of its Origins. Scottish Academic Press.