B. ^ O campeão da S-League de 2015, o Brunei DPMM FC é uma equipe de Brunei, sendo assim não pode representar a Singapura em competições internacionais. A sua vaga foi passada ao Tampines Rovers, o segundo colocado.
Calendário
O calendário para a competição é o seguinte (todos os sorteios são realizados em Kuala Lumpur na Malásia).[4]
As chaves para as rodadas de qualificação foram determinadas pela AFC baseada no ranking de cada associação. Times da mesma associação não podem se enfrentar nesta fase. As vagas são decididas em partida única.
O sorteio para esta fase foi realizado em 10 de dezembro de 2015.[2] As 32 equipes foram distribuídas em oito grupos com quatro equipes cada. Equipes da mesma associação não podem ser sorteadas no mesmo grupo.
O sorteio para esta fase foi realizado em 9 de junho de 2016.[5] Para as quartas-de-final não haverá a "proteção por país", ou seja, se houver duas equipes do mesmo país eles poderão se enfrentar nas quartas, independentemente do sorteio.