Margareta Nilsdotter var abbedissa i Vadstena kloster från 1548 till 1553.

Under hennes ämbetstid stängdes klostrets manliga avdelning år 1549, och nunnorna fick året därpå flytta över till den gamla munklängan. Samtidigt övertogs klosterkyrkan av kronan och nunnorna fick i fortsättningen endast använda sig av munkarnas gamla kapell för sin gudstjänster. 1552 vandaliserades altaret av kalvinistiska spelmän under kungens bröllop med Katarina Stenbock.

• Lennart Jörälv: Reliker och mirakel. Den heliga Birgitta och Vadstena (2003)

• Syster Patricia, OSsS 2003: ”Vadstena klosters abbedissor”. I: Beskow, Per & Annette Landen (red.) Birgitta av Vadstena. Pilgrim och profet 1303–1373. Natur och Kultur, Stockholm. S. 297–314.