Maurizio Fondriest blev professionell 1987 med stallet Ecoflam. Ett år senare blev han kontrakterad av Alfa-Lum med vilka han bland annat vann flera etapper på Schweiz runt och Tirreno–Adriatico. Under året 1988 vann han världsmästerskapenslinjelopp.
Fortfarande med Lampre 1995 vann han ytterligare en etapp på Giro d'Italia och slutade tvåa i Tirreno–Adriatico, Milano–San Remo, Gent-Wevelgem och La Flèche Wallonne.
Maurizio Fondriest avslutade sin karriär 1998 efter att ha tävlat för det franska stallet Cofidis under tre år. Han skapade då ett cykelföretag, kallat Fondriest, som gör kolfibercyklar.