Maiste õppis aastatel 1971–1976 Tartu Riiklikus Ülikooliskunstiajalugu. Aastatel 1982–1985 jätkas ta õpinguid Moskva Kunstiuurimise Keskinstituudis, kus sai kandidaadikraadi kunstiajaloos. Tema kandidaaditöö teema oli "Архитектура и планировка усадебных ансамблей в Северной Эстонии со второй половины XVIII века до 1917 года" ("Põhja-Eesti mõisaarhitektuur. Arhitektuuriline kujunemine ja planeering 18. sajandi teisest poolest 1917. aastani"), tööd juhendasid Voldemar Vaga ja Juhan Kahk.
1993 – Juhan Maiste. "Ajan sydämessä: matka Tallinnasta Tarttoon". Tõlkinud Kaisu Lahikainen. Helsinki: Tammi. 216 lk. ISBN 951-3099563
1995 – Juhan Maiste. "Linnoissa kreivien: Viron kartanoita ja kartanokulttuuria". Suomentanut Juhani Salokannel. Helsinki: Otava. 224 lk. ISBN 951-1134183
1995 – Juhan Maiste. "Mustpeade maja. The house of the Brotherhood of Blackheads". Tallinn: Kunst. 127 lk. ISBN 951-9200979
1996 – Juhan Maiste. " Eestimaa mõisad. Manorial architecture in Estonia. Gutsarchitektur in Estland". Tallinn: Kunst. 454 lk. ISBN 998-9200235
1999 – Juhan Maiste. "Eesti. Minevik ja tänapäev. Estonia. Past and present. Estland. Vergangenheit und Gegenwart". Tallinn: Koolibri. 96 lk. ISBN 998-5008022
2002 – Juhan Maiste. "Kuninganarri rännak Tallinnast Tartusse". Tallinn: Kunst. 239 lk. ISBN 998-9203129
2003 – Juhan Maiste, Kadi Polli, Mariann Raisma. "Alma Mater Tartuensis. Tartu Ülikool ja tema arhitekt Johann Wilhelm Krause. Die Universität Tartu und ihr Architekt Johann Wilhelm Krause. Tartu University and its architect Johann Wilhelm Krause". Tallinn: Eesti Keele Sihtasutus. 310 lk. ISBN 998-5790243
2006 – Juhan Maiste, Kadi Polli, Mariann Raisma. "Alma Mater Tartuensis: das Anatomische Theater und sein Architekt Johann Wilhelm Krause. The Anatomical Theatre and its architect Johann Wilhelm Krause". Herausgegeben von Urmas Sutrop. Tartu: Stiftung für Estnische Sprache. 456 lk. ISBN 998-5791495
2017 – Juhan Maiste, Anu Ormisson-Lahe, Mariann Raisma. "Johann Wilhelm Krause 1757–1828. Tartu Ülikooli ansambel valgustusajastul. The University of Tartu ensemble in the age of enlightenment". Tartu: Tartu Ülikool. 279 lk. ISBN 978-9949604210
„Oleme seal, kus kunagi alustasime. Paljud mõisad on vahepeal lagunenud. Paljudest on järele jäänud vaid pargitukk ja paar rohelusest esile kerkivat müürinurka. Paljud on siiski aga korras. Elu on neis läbi aastakümnete jätkunud. Otsekui ei olekski midagi olnud. Otsekui astuksime tõesti piki põlispuudega palistatud mõisaalleed tulevikku. Milliseks see kujuneb, on praegu raske otsustada. Unistadagi ei söanda. Ilmselt kujuneb Eesti mõisaarhitektuuri ilme paljuski sarnaseks siin elava inimese näoga.
Ja ometi helgib puiestee lõpus midagi ― see on otsekui peegel, mis pimestab. Pikkamööda hakkame aga tajuma esimesi kontuure. Vaatevälja ilmuvad vanakreeka templid ja germaani mägilinnused, ilmub Euroopa aastatuhandete pikkune ajalugu. Siis teravneb aga pilt veelgi ning erakordselt selgelt näeme omaenda maad ― madalaid mägesid ja väikesi järvi, vahelduvaid metsatukki ja põlde. Õrn tuuleiil on pannud värelema lehed puiestee ladvus, löönud võbelema tiigivee.“
Juhan Maiste. Eestimaa mõisad. Kunst, Tallinn 1996, lk. 421