פרס יגאל אלון לשנת 1992 למעשה מופת חלוצי, הוענק לקהילת ניצנה על ידי המועצה הציבורית ל"הנצחת זכרו של יגאל אלון"
פרס גולדה מאיר לשנת 2019 הוענק לקהיליית ניצנה על מכלול פעולתה החינוכית והחברתית בהנהגתו של דוד פלמ"ח, לפי חזונו הציוני ו"מורשתו של לובה אליאב"[3].
משנת 2021 מנהל ניצנה הוא אבי כהן.
תחומי הפעילות בכפר
קליטה ולימוד עברית
אולפני עברית: בניצנה פועלים אולפני עברית: האחד לגילאי 17–20 והשני לגילאי 21–28.
מי"ר [מכינה ישראלית-רוסית]: תוכנית לצעירים עולים הבאים ללא הורים ממדינות ברית המועצות לשעבר. במהלך האולפן הם לומדים עברית וכמו כן על התרבות במדינה, גאוגרפיה של ארץ ישראל אזרחות, היסטוריה ומסורת יהודית.
מסע ספורט אקסטרים: תוכנית לבוגרי אוניברסיטה מחו"ל, שאינה מחייבת עליה. במהלך השנה לומדים החניכים אזרחות, מסורת ישראל ולמודי אולפן. כמו כן, עוסקים המשתתפים בפעילות ספורט אתגר - במדבר, הכוללת: טיולים נודדים, אופני הרים, צלילה, גלישה מצוקים ועוד. בסוף התוכנית מקבלים הבוגרים תעודת מאמן חדר כושר. בעשור האחרון, למעלה מ-80% מבוגרי התוכנית בניצנה, עולים לארץ בעקבות השתתפותם בתוכנית.
תוכניות מנהיגות לצעירים
מכינת "דרך ארץ": מכינה קדם צבאית חצי-שנתית [ללא דחיית שירות]. מיועדת לבוגרי י"ב מהפריפריה הגאוגרפית והחברתית. החניכים במכינה עוברים תהליכי למידה בנושאים שונים ומתכוננים הן נפשית והן פיזית לצבא ולהמשך החיים, תוך כדי תרומה לקהילה ולניצנה.
מתנדבי שנת שירות - שין שינים: בניצנה למעלה מ-20 שין שינים, הבאים דרך התנועה הקיבוצית. בתחילת הדרך הם משתתפים בקורס מדריכי טיולים מוכר ל"תו תקן" של משרד החינוך. במסגרת שירותם בניצנה הם מדריכים טיולי בתי ספר בנושאי הכרת הנגב. כמו כן, הם מבצעים עבודה תורמת עם מחלקות ניצנה השונות וביישובי פתחת ניצנה.
כפר נוער - נווה מדבר - ניצנה: הכפר הוקם ב-2015 והוא כפר הנוער הראשון והיחיד מסוגו בארץ, שנועד לבני נוער בדואים מהדרום. הכפר כולל בית ספר תיכון לבגרות בסביבה וחקלאות, חווה חקלאית, ופנימיה בה הנערים שוהים במהלך כול השבוע. כפר הנוער הבדואי בניצנה, הנמצא בסביבה אנושית מגוונת,הוא אתגר להעצמת הנערים וחיבורם לחברה בישראל. הכפר בפיקוח המנהל לחינוך התיישבותי של משרד החינוך ובו סגל מורים ומדריכים יהודי וערבי.
ידיעת הארץ
"סמינר נגב -ציוניאקולוגי": בניצנה פועל מרכז הדרכה לטבע, אקולוגיה וסביבה. המרכז משמש כבית ספר שדה, אליו מגיעים תלמידים מבתי ספר מהארץ ומחו"ל לחוויית טיול ולימוד של הנגב. מתוך אמונה שהנגב הוא אחד האתגרים הגדולים העומדים בפני מדינת ישראל. במסגרתו: עוקבים אחר בעלי חיים בחולות, יוצאים למסעות אופניים ומבקרים בערי הנבטים ובהתיישבות החדשה ועוד. לצד לימוד הטבע והמורשת, ניצנה מתמחה בהעברה ולימוד של נושאי סביבה תוך שימת דגש על אנרגיה סולארית וקיימות.
בית ספר יסודי - בוסתן במדבר: בשנת הלימודים תשע"ח נפתח בניצנה בית ספר יסודי לילדי תושבי האזור. בוסתן במדבר הוא בית ספר צומח, אשר שם דגש על לימודי הטבע והסביבה המדברית.
כיתת איתמר: מכוונת לפעילות אקטיבית בתחום הסביבה. המסר המועבר: שכול אדם ואפילו אינו מבוגר או מפורסם, יכול להביא שינוי חיובי. שינוי שיסייע לסביבה הפיזית והאנושית. הכיתה הוקמה בעקבות מותו הטרגי של איתמר מוצאפי, שהיה מדריך בניצנה.
כיתת מים: מרכז למידה ייחודי העוסק בנושא מים מושבים. בו מתמקדים בהעברת מידע על חיסכון במים, זיהום מים, טכנולוגיות לטיהור מים מושבים והתפלה.
מרכז מיחזור: מתחם אומנותי העשוי מחומרים ממוחזרים ומתמקד באקולוגיה. הכיתה שבמרכזו מציגה את השימושים החוזרים בחומרים שונים. מלמדים אודות הצורך לצמצום צריכה ומעודדים שימוש חוזר. במרכז זה מצוי גם מוזיאון "תחילת האלף", הממוקם במתחם של תאי שירותים ישנים. המוזיאון מדגים פיסול בחומרים ממוחזרים, שלוקטו ועוצבו במשך כול יום במהלך שנת אלפיים (תחילת האלף) על ידי האומנית מיכל פלג
מוזיאון עתיקות תל ניצנה: המוזיאון שוכן במרכז הכפר ובו מוצגים והסברים על תל ניצנה הסמוך ובו ממצאים מתקופות: הנבטים, הרומיים, הביזנטיים והטורקים.
"חדר הפלאות על שם יצחק מובשוביץ"חדר הפלאות הוא מוזיאון חוויתי אינטראקטיבי מעיזבונו של הצלם והאספן יצחק מובשביץ. בו אוספים של פוחלצים, פרפרים נדירים, תמונות טבע ואוספי פריטים נוסטלגיים משנות החמישים, השישים והשבעים ועוד.
גן התנ"ך המדברי: הוקם על ידי קבוצת מתנדבים אוהבי ישראל מצרפת. בו תחנות הסבר ולימוד סביב נושאים הקשורים למסע בני ישראל במדבר.
מבנה הכפר ותושביו
בניצנה אכסניה וחדרי אירוח, חאן אירוח בסגנון מדברי, בריכה, מרפאה אזורית, חדר אוכל מרכזי משמש את כל תושבי הכפר הקבועים והאורחים. ב"בית אורי" (על שם אורי גורדון) פועל מרכז הדרכה וסימפוזיונים. ב-2017 נחנך "בית הסופר" (על שם אלי עמיר). דיירי הכפר כיום הם בעיקר עובדי החינוך והמנהלה הקשורים לתוכניות הכפר.
שכונה קהילתית - ניצנה
ביוזמת דויד פלמ"ח חברו הסוכנות היהודית והמועצה האזורית רמת הנגב, להקים את השכונה הקהילתית - ניצנה. השכונה מתוכננת לקליטת כמאה משפחות, אשר ירכשו מגרשים ויבנו את ביתם במקום. תושביה יעבדו בעיקר בכפר החינוכי שלצידה והיא תהווה יישוב קהילתי בתחום המועצה האזורית רמת הנגב. השכונה והכפר ינהלו חיי שיתוף בתחומים המוניציפליים, החינוכיים והערכיים.