Assim como na edição anterior a competição foi organizada pela Confederação Brasileira de Desportos (CBD, atual CBF). Com a extinção da Taça Brasil, já em 1969 a Taça de Prata, passou a ser a única competição nacional de clubes de futebol que concedia o título de campeão brasileiro e a mais importante competição de futebol do Brasil. Esta edição indicaria apenas um representante da CBD na Taça Libertadores da América. No entanto, por desentendimentos entre as confederações Brasileira (CBD) e Sul-Americana (CONMEBOL), o Brasil terminou não participando também da Libertadores de 1970, como protesto da entidade brasileira contra as mudanças das regras da competição.[2] Nesta edição, a CBD manteve o número de dezessete participantes e também o de sete estados, mas fez três alterações nos clubes convidados: o America, terceiro colocado no Campeonato Carioca de 1969, substituiu o Bangu, sexto colocado, como quinto representante carioca, enquanto os estados do Paraná e Pernambuco foram representados por seus campeões, Coritiba e Santa Cruz. Classificaram-se para a fase final os paulistas Corinthians e Palmeiras (como em 1967), além de Botafogo e Cruzeiro.[3][4][5]
O Corinthians liderou quase todo o torneio e chegou à última rodada com vantagem. Se ganhasse do Cruzeiro em Belo Horizonte, seria campeão, independentemente do resultado paralelo de Palmeiras versus Botafogo. O Cruzeiro também podia ficar com o título, desde que ganhasse do Corinthians por um escore maior que o do Palmeiras sobre o Botafogo. Só o Botafogo chegou à última rodada sem chances. O Palmeiras aproveitou-se disso e fez 3 a 1 sobre o Botafogo em São Paulo, enquanto o Cruzeiro venceu o Corinthians por apenas 2 a 1. Resultado: Palmeiras campeão, pelo critério de desempate do saldo de gols.[5][6][7] Este quarto título brasileiro do Palmeiras representou tanto o último da primeira Academia de Futebol, quanto o início da segunda – Zeca, Leão e Luís Pereira já estavam no elenco, porém o primeiro tinha vinte e três anos e os dois últimos estavam apenas com vinte, seriam muito mais importantes para a equipe na década de 1970.[8][9] Foi nesta edição que Pelé marcou seu milésimo gol, em 19 de novembro, jogando contra o Vasco da Gama, atraindo a atenção da mídia mundial para o jogo realizado no Maracanã.[10]
Em 2010 o torneio foi reconhecido pela CBF como o Campeonato Brasileiro de Futebol de 1969, atribuindo o título de campeão brasileiro ao Palmeiras,[11] exatamente como fazia em seus boletins oficiais entre 1971 e 1975,[12][1][13][14][15][16][17] excluindo esta informação a partir do boletim de 1976.
O regulamento desta edição separava os participantes em dois grupos na primeira fase — um com oito agremiações e outro com nove, mas os clubes se enfrentavam todos contra todos em turno único. sendo que os dois mais bem colocados de cada chave classificavam-se para a disputa de um quadrangular final. Os dois melhores colocados de cada grupo foram respectivamente: Corinthians e Cruzeiro (Grupo A) e Palmeiras e Botafogo (Grupo B), com gols de César Maluco e assistências de Ademir da Guia, o Palmeiras liderou seu grupo com nove vitórias, um empate e seis derrotas. O quadrangular foi disputado com os quatro clubes também jogando todos contra todos em turno único, assim como na edição anterior.[5][6]
O primeiro jogo do Palmeiras na fase final foi logo contra o seu arquirrival Corinthians, mas a partida ficou empatada em 0 a 0. Precisando vencer na rodada seguinte, o time alviverde iniciou o embate frente ao Cruzeiro liderando o placar, graças a um gol de César, mas Palhinha deixou tudo igual. Na última rodada, o clube precisou torcer por uma derrota do Corinthians e vencer o Botafogo por uma diferença maior de gols do que a vitória do Cruzeiro. Ao final do primeiro tempo, a torcida palmeirense já comemorava três gols – Ademir marcou duas vezes e César uma. Ferretti ainda descontou para a equipe carioca, mas não sendo suficiente para tirar o título do Palmeiras, pois os mineiros ganharam por apenas 2 a 1. Com isso, o Palmeiras conquistando seu quarto campeonato nacional através do saldo de gols. O goleador da competição foi Edu (America), com catorze gols.[5][7][20]
RGP.^ Em 1967 e 1968, foram realizados dois Campeonatos Brasileiros. Esta colocação refere-se ao torneio denominado na época de Torneio Roberto Gomes Pedrosa.
TB.^ Em 1967 e 1968, foram realizados dois Campeonatos Brasileiros. Esta colocação refere-se ao torneio denominado na época de Taça Brasil.
Fórmula de disputa
Primeira fase: os dezessete participantes jogaram todos contra todos, em turno único, mas divididos em dois grupos (um com oito clubes e outro com nove) para efeito de classificação. Classificaram-se os dois primeiros de cada grupo para a fase final.
Fase final: os quatro clubes classificados jogaram todos contra todos, em turno único. O clube com maior número de pontos nesta fase foi o campeão.
Critérios de desempate: saldo de gols, goal-average e sorteio.
