O campeonato teve a participação de 12 clubes. As 4 equipes que mais pontuaram ao longo do campeonato (Taça Guanabara e Taça Rio) se juntaram a Fluminense, Flamengo, Vasco da Gama e Botafogo, já garantidos na fase final. Não houve o critério de desempate por número de vitórias.
O Bangu entrou com recurso, pois alegava erros da arbitragem que teriam prejudicado o time, como o gol de cabeça do goleiro Eduardo, anulado de forma discutível na semifinal do torneio que terminou na prorrogação em 0 a 0[3]. O árbitro, Reinaldo Ribas, alegou que houve toque de mão na área, e ainda expulsou o goleiro. Irritados com a decisão, os jogadores do Bangu partiram para cima do juiz, que ainda expulsou Cleberson e Hélder, por reclamação. Em seguida, deixaram o gramado do Maracanã, a pedido do então presidente Rubens Lopes. Dirigentes do Alvirrubro mostraram uma imagem do lance, e garantiram que não havia irregularidade.
Pelo erro cometido, Reinaldo Ribas foi excluído do quadro de árbitros da FERJ. Rubens Lopes, além de ser vice-presidente de futebol do Bangu, era vice-presidente da FERJ e assumiria o cargo de presidente posteriormente. Pela briga entre a federação e as TVs, esse foi o único lance mostrado, com as pessoas que não foram ao jogo não tendo acesso a todas as imagens da partida.
No dia 14 de abril de 2009, finalmente o campeonato teve seu desfecho, onde o Fluminense foi mantido como o legítimo campeão pelo TJD/RJ, por 8 votos a 0.[4] O Entrerriense foi a equipe rebaixada do campeonato ao somar apenas 11 pontos em 22 partidas.
