Na primeira fase do campeonato, todas as equipes se enfrentam em turno e returno. Caso um dos clubes vença os dois turnos, será considerado campeão antecipado, ficando dispensadas as demais fases da competição. Havendo campeão antecipado, o vice-campeão será o segundo com melhor classificação geral nos dois turnos alcançando junto ao campeão o acesso à Série Ouro 2013.
Na segunda fase as quatro melhores equipes classificadas disputaram jogos em confronto direto, os enfrentamentos ocorrem em duas partidas, com os campeões de turnos tendo o mando de campo da segunda partida, conforme tabela de jogos sendo que os vencedores obtém vaga direta para a Primeira Divisão de 2013 e para a final do campeonato, sendo esta disputada em três jogos.
Em virtude da desistência do Iguaçu Agex e do FC Cascavel, respectivamente 7º e 8º colocado em 2011, GRECAL e Grêmio Maringá, 3º e 4 º colocados da Série Bronze, foram promovidos a Série Prata 2012.
a^ O Cincão foi punido pelo Supremo Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) com a perda de oito pontos e multa de R$ 400, por escalar de forma irregular o volante Wallace em dois jogos.[4]
b^ O Junior Team ,foi punido pelo Supremo Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) ,acusado de escalar de forma irregular o meia Matheus na partida contra o Nacional.
c^ A equipe do Cascavel perdeu seis pontos após julgamento no TJD-PR, sendo rebaixada para a terceira divisão de 2013.