No começo de 2014, Rafael passou por duas intervenções cirúrgicas que deixaram o jogador fora dos gramados. No começo do ano ele foi submetido a um procedimento no joelho esquerdo, ficando fora da fase de grupos da Copa Libertadores. O jogador voltou a treinar me maio. Em outubro o jogador passou por outra cirurgia, dessa vez para corrigir problema no menisco direito.[7][8][9]
Em 17 de julho de 2016, Rafael sofreu uma fratura no quarto dedo da mão direita durante o aquecimento para a partida contra o Fluminense, válida pela 15ª rodada do Campeonato Brasileiro.[10] No dia 20, o jogador foi submetido a uma cirurgia no dedo anelar da mão direita.[11] No dia 27 de agosto, já recuperado da cirurgia, o jogador renovou seu contrato com o Cruzeiro até 2019 e foi anunciado como substituto de Fábio, que rompeu o ligamento cruzado do joelho direito.[12] Logo na primeira partida após assumir a posição titular, em vitória sobre o Santa Cruz por 2 a 0, pelo Campeonato Brasileiro, o goleiro fez uma excelente defesa em cabeçada de Wallyson. A intervenção foi eleita a principal da rodada pelo canal SporTV.[13]
No dia 13 de novembro, Rafael completou 50 jogos pelo Cruzeiro, no empate sem gols com o Palmeiras, partida válida pela 30ª rodada do Campeonato Brasileiro. O jogador tornou-se o 25º goleiro a alcançar essa marca na história da equipe. Com o resultado, o time chegou à terceira partida consecutiva sem ser vazado na competição.[14]
Rafael demostrou ser um exímio defensor de pênaltis, mantendo uma invencibilidade na temporada 2016. Ele defedeu a cobrança de Nikão na vitória por 2 a 1 sobre o Atlético-PR, pela
Primeira Liga; o arremate de Andrés Chávez, na derrota por 1 a 0 para o São Paulo, pelo Brasileiro e também em cobrança de Cárdenas, no triunfo por 1 a 0 sobre o Vitória, pelo Brasileiro. Na quarta cobrança, de Diego Souza, em jogo contra o Sport, a bola acertou o travessão.[13]
Em abril de 2017, com o retorno de Fábio aos gramados, a vaga de goleiro titular passou a ser disputada entre o dois atletas.[15] O técnico Mano Menezes destacou a importância de Rafael após o goleiro evitar um gol aos 47 minutos do segundo tempo contra o América e garantir o empate na primeira partida da semifinal do Campeonato Mineiro: "Felizmente o Rafael é nosso. Quando tomei a decisão de mantê-lo na reta final é porque eu obedeci a esse grande momento que ele vive, além do ritmo de jogo na competição. Ele vem sendo um goleiro regular, felizmente temos dois grandes goleiros e estamos bem servidos", disse o treinador.[16] Em boa forma, o goleiro de 27 anos permaneceu na equipe principal na atual maratona de jogos decisivos pela Copa do Brasil, Campeonato Mineiro e Copa Sul-Americana.[17]
Ao fim do Campeonato Mineiro, Rafael foi eleito o melhor goleiro da competição, recebendo o Troféu Globo Minas.[18]
No início de 2020, Rafael acionou o Cruzeiro na Justiça do Trabalho por falta de pagamentos. No dia 14 de fevereiro de 2020, foi acertada a rescisão de seu contrato com o clube.[19]
Atlético Mineiro
No dia 3 de março de 2020, Rafael assinou um contrato de quatro anos com o Atlético Mineiro.[20]
Rafael deixou o Galo após dois anos, ele fez 31 jogos e conquistou os títulos do Brasileiro, Copa do Brasil, Supercopa e o Mineiro (3x).[21]
São Paulo
Em 8 de dezembro de 2022, assinou por três temporadas com o São Paulo.[22]
“
Chegar ao São Paulo é a missão da minha vida. Estou muito feliz e focado. Este era o momento perfeito para defender o São Paulo. É o maior projeto da minha carreira, porque sempre tive o desejo de vestir esta camisa. É a realização de um sonho
Em 15 de janeiro de 2023, Rafael realizou sua estreia pelo São Paulo no empate por 0x0 contra o Ituano, pelo Paulistão. Na partida, foi bem seguro, sendo pouco testado pela equipe adversária.[23][24]
Depois de maio, sob o comando de Dorival Júnior, Rafael deu início à sua melhor fase em toda a carreira profissional. Atuando até então em todas as partidas do ano, o goleiro teve destaque em diversas partidas do Tricolor, fazendo milagres com muita frequência e se consolidando definitivamente como titular absoluto da posição.[25][26][27]
Em setembro do mesmo ano, Rafael venceu a Copa do Brasil pelo São Paulo, colocando-se como o maior vencedor da competição na história, com quatro títulos, ao lado de Roger Machado e Zinho. [28] Além disso, foi eleito o Melhor Goleiro da competição após a final contra o Flamengo.
Na competição, Rafael se superou, operando milagres e realizando defesas históricas que ajudaram o Tricolor a passar de fase.[29] Por causa disso, recebeu o apelido de "Rafael Ceni'' pela torcida, fazendo alusão ao maior goleiro da história do clube.[30]
2024
Rafael fez uma ótima estreia em 2024, logo no primeiro jogo importante do ano, na Supercopa Rei 2024, contra o Palmeiras, foi eleito craque do jogo pelo SporTV, tendo recebido a coroa pelo ex-jogador Clodoado. Rafael defendeu dois pênaltis (de Murilo e de Piquerez), após a partida terminar em 0x0 pelo tempo regulamentar (a Supercopa não tem prorrogação) garantindo um 4x2 para o São Paulo nas penalidades.
Com o título da Supercopa Rei, se tornou o jogador com mais títulos nacionais na história, com nove conquistas, superando Zinho, com oito títulos.[31]
Seleção brasileira
Em março de 2024, Rafael foi convocado pelo técnico Dorival Júnior, que o havia treinado em 2023, para disputar os amistosos contra Inglaterra e Espanha com a seleção brasileira. [32][33]
Em 27 de maio, a Seleção Brasileira anunciou os 26 nomes que disputaram a Copa América, que foi disputada entre junho e julho nos Estados Unidos e dentre estes Rafael.[34]
