Ganhou reconhecimento ao defender as cores da Ponte Preta, onde ficou por seis anos.[2] É o quarto goleiro que mais defendeu a meta da Ponte Preta na história, com 183 partidas disputadas entre 1984 e 1988.[3][4]
No início de 1989, foi adquirido pelo Santos por 100 mil cruzados.[5] Também teve boa passagem pelo clube[6][7], onde, na época, foi convocado 11 vezes para defender a Seleção Brasileira.[2] Aos 27 anos de idade, Sérgio atuou como titular da Seleção Brasileira na derrota sofrida por 2 a 1 para a seleção do Resto do Mundo, em partida festiva realizada no dia 31 de outubro de 1990 no estádio Giuseppe Meazza, comemorativa ao aniversário de 50 anos de Pelé.[4][8] Em 1991, ainda como jogador do Peixe, Sérgio Guedes integrou a delegação brasileira na disputa da Copa América de 1991.[4] Ficou no Santos até 1992[9].
Na sua passagem pelo América-SP, foi considerado o melhor goleiro da história do clube.
Encerrou sua carreira como jogador em 2003, sendo o terceiro goleiro da Portuguesa Santista.
Como treinador
Começou sua carreira como treinador na Portuguesa Santista[13] em 2005, posteriormente foi para o São Carlos e, em seguida, para a Ponte Preta, Santo André[14] e Bahia.
Em 2010, em sua segunda passagem pela Ponte Preta, foi demitido, em decorrência do desgaste provocado pela eliminação na Copa do Brasil, com a derrota por 2 a 1 para a Portuguesa, no Canindé. No Campeonato Paulista, a Macaca fez uma campanha apenas regular, ocupando a nona posição, com 24 pontos. Em 21 jogos comandando a equipe de Campinas nas duas competições, Guedes teve oito vitórias, seis empates e sete derrotas. Em 2008, ele comandou uma das melhores formações da Ponte em Paulistões, quando levou a equipe à decisão que acabou sendo derrotada diante do Palmeiras.
Em outubro de 2010, acertou com a Portuguesa. No comando da Lusa, Sérgio Guedes obteve um bom desempenho na Série B, com sete vitórias, um empate e duas derrotas e renovou seu contrato no final do ano.[16]
Em agosto de 2011, foi anunciado como novo treinador do Americana,[17] de onde saiu meses depois, após divergências com a diretoria.[18]
Em 11 de novembro de 2011, foi anunciado como o novo técnico do Red Bull Brasil.[19]
Em maio de 2012, acertou seu retorno ao comando do São Caetano.
Em outubro de 2012, acertou com o XV de Piracicaba,[20] mas no mesmo mês foi emprestado ao Sport até dezembro,[21] com a missão de salvar o Leão do descenso.
Em 4 de dezembro de 2012, dois dias depois de não conseguir salvar o Sport do rebaixamento, Guedes, impedido de estender seu contrato por causa das eleições presidenciais que os pernambucanos irão enfrentar, volta ao XV de Piracicaba ponderando, contudo, que sua história com o Leão não acabou.[22]
Em março de 2013 foi confirmada a volta de Sérgio Guedes ao Sport.[23] No entanto, acabou sendo demitido em maio, após a perda do título estadual para o Santa Cruz e a eliminação na Copa do Brasil para o ABC.[24][25]
Assumiu ainda esse ano, o Ceará e deixou o clube cearense, pra retornar mais uma vez, ao São Caetano[26] Foi demitido, após maus resultados.
Acertou, em 2014, com o Oeste.[27] Sérgio Guedes atuou durante 6 partidas pelo Oeste e foi demitido.[28]
No dia 22 de abril de 2014, acertou com o Santa Cruz.[29][30] Foi demitido em 19 de setembro de 2014 após derrota do Santa Cruz por 2x1 para o Luverdense.[31][32]
Em 16 de fevereiro de 2016 assinou contrato com o Rio Claro.[33] Em outubro de 2017 rescinde com o Rio Claro após divergências com o presidente do clube Luiz Balbo.[34]
A diretoria da Portuguesa Santista acertou com Sérgio Guedes no final de novembro de 2017, o treinador que comandará o clube da cidade de Santos pela segunda vez, terá a missão de comandar a equipe na Série A3 do Paulistão do próximo ano.[35]
Após ser contratado pela Portuguesa Santista, conseguiu o acesso a Série A2 de 2019, ao ter chegado a final da Série A3 de 2018,onde foi vice-campeão perdendo a final pro Atibaia nos acréscimos.
Pelo Água Santa foi vice-campeão da Série A2 de 2021, recolocando o time de Diadema na elite estadual. Em março de 2022, deixou o Água Santa após 18 meses à frente do clube, onde comandou o clube em 40 partidas, sendo 16 vitórias, 14 empates e 10 derrotas.[36]
Em setembro de 2022, acerta com a Portuguesa Santista para o Paulistão A2 de 2023.[37] Conduziu a Briosa às quartas-de-final do Paulistão A2, ficando com a 5º colocação na classificação geral e renovou contrato para a disputa da Copa Paulista e do próximo Paulistão A2.[38]
Em 2024, disputou a Copa do Brasil[39], onde foi eliminado na primeira fase após derrota para o Caxias por 1x0.[40] Na Série A2, a Portuguesa Santista foi eliminada na semifinal contra o Noroeste nos pênaltis.[41] Sérgio Guedes foi eleito o melhor técnico do Campeonato.[42]
No dia seguinte após a perda do acesso à elite estadual, Sérgio Guedes sofreu um infarto e passou por um cateterismo.[43][44][45][46]
Em maio de 2024, acertou com o São José com contrato até o fim do Brasileiro da Série D.[47]