Alphonse Delacroix étudie aux Beaux-Arts de Besançon où il est l’élève de Charpentier et de César Convers. Il y suit des cours de dessin et de géographie.
En 1827, Percier, architecte du Louvre le fait entrer dans l’atelier d'Auguste Guénepin (1780-1842), grand prix de Rome, membre de l’Institut et architecte du département de la Seine. Delacroix réussit brillamment le concours de l'École des beaux-arts de Paris.
En 1830, il est de retour à Besançon et occupe le poste d’architecte du département du Doubs et du diocèse.
En 1837, il est nommé architecte de Besançon. Il réalise de nombreux travaux, construit des écoles, la faculté des sciences, des fontaines, aménage la promenade Micaud…. Il fait parvenir les eaux de la source d’Arcier à Besançon comme l’avaient fait les Romains.
En 1858, il propose l’organisation d’une exposition universelle à Besançon, il conçoit le plan d’ensemble de l’exposition qui a lieu deux ans plus tard, du 1er juillet au sous le patronage de Napoléon III. Elle a pour but de promouvoir l’industrie, l’horlogerie, l’agriculture, et les beaux-arts.
Delacroix est aussi géologue, en 1855 il publie le résultat de ses recherches et découvertes archéologiques sur Besançon, c’est lui qui découvre le gisement de sel de Miserey. Il est l’initiateur d’un musée d’antiquités dans la partie du musée archéologique de Besançon.
Avec son frère il fonde la Société d’émulation du Doubs dont il est président, en 1866, il fonde la Société des architectes du Doubs qu’il préside quarante ans. Il fut aussi un des créateurs de la Société de secours mutuel pour la classe ouvrière.
Il a épousé Jenny Munier et s’est installé à la Grange Huguenet à Besançon, il y reçoit ses amis archéologues, peintres, sculpteurs, architectes, philosophes.
« II existe une localité qui, jusqu’au XIIIe siècle, a conservé intact son nom d’Alésia et règne encore au milieu des vestiges du plus vaste champ de carnage qui soit connu. C’est là, c’est à Alaise que nous plaçons le siège mémorable qui a terminé la lutte de Vercingétorix ; c’est là que nous voyons le dénouement de la guerre de Séquanie… »
Ce qui est absolument certain, c’est qu’Alaise a été un immense oppidum gaulois. Le buste de Delacroix, œuvre de son petit-fils, a été inauguré à Alaise en présence des autorités départementales, académiques, de l’architecture, de l’émulation, du clergé, etc. Le discours d’inauguration fut prononcé par l’archéologue Auguste Castan.
Asile St Quentin (Ecole Victor Hugo), 7 place Victor Hugo, 1839
Immeuble à loyers, 12 rue Moncey
Chapelle du pensionnat des sœurs du sacré-cœur, 1840, 12 rue de l'Orme de Chamars
Le temple du Saint-Esprit de Besançon : réhabilitation de la chapelle de l'ancien hôpital du Saint Esprit et construction du porche, du remplage de la baie du chœur, des bancs et du buffet de l'orgue néogothique de style troubadour, 1841.
École de l'arsenal, 1848 (actuel Palais de Justice)
Église paroissiale Saint-Claude, 1854-1858
Achèvement des chapiteaux (1846), salle de guet et croix en fer de l'église Saint Pierre (1858)
Estelle Thibault, « La Science des arts d’Alphonse Delacroix ou la « Maison » comme utopie rayonnante », dans Gérard Chouquer et Jean-Claude Daumas (dir.), Autour de Ledoux : architecture, ville et utopie, Besançon, Presses universitaires de Franche-Comté, (ISBN978-2-84867-234-2, DOI10.4000/books.pufc.25309, lire en ligne), p. 175–192.