2021年8月9日時点でデルタ株の症例が確認されている国・地域（GISAID 発表）凡例: 確認症例数 10,000+
確認症例数 5,000–9,999
確認症例数 1,000–4,999
確認症例数 100–999
確認症例数 10–99
確認症例数 1-9
確認症例数 0 / またはデータなし
SARSコロナウイルス2-デルタ株 （サーズコロナウイルスツー デルタかぶ、英語 : SARS-CoV-2 Delta variant 系統 B.1.617.2 、VOC-21APR-02 ）は、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の原因ウイルス であるSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) の変異株 であり、系統 B.1.617 の亜系統の1つである[ 1] 2020年 後半にインド で初めて検出された[ 2] [ 3]
世界保健機関 (WHO) は懸念される変異株 (VOC) に指定し、WHOラベルではデルタ株 (Delta variant) に分類していたが、2022年 7月時点でVOCから除外されている[ 4]
デルタ株は、SARSコロナウイルス2のスパイクタンパク質 をコードする遺伝子 にT478K、P681R 、L452R の置換を引き起こす変異 がある。これらのアミノ酸変異は、ウイルスの伝染性に影響を与えるだけでなく、以前に循環していた同ウイルスの変異株に対する抗体 によって中和 できるかどうかに影響することが明らかにされている[ 5] 2021年 5月にイングランド公衆衛生庁 （英語版 ） 系統 B.1.1.7 （アルファ株）より51 - 67%高いことを示した[ 6]
デルタ株は2021年9月時点でヨーロッパ やアメリカ ・オーストラリア ・日本 を含めたアジア など世界の広い地域で主流の株となっていた。しかし、同年末から2022年にかけてさらに感染力の強いオミクロン株 に置き換わられている。
2021年5月6日、PHEはイギリス で最初に同定された系統 B.1.1.7（アルファ株）に相当する感染性の評価に基づいて、系統 B.1.617.2の分類を調査中の変異株 (VUI) から懸念される変異株 (VOC) に変更した。5月11日、WHOもこの系統をVOCに分類し、より高い感染性と中和の減少の証拠を示したと述べた。この変異株は、同年2月に始まったインドのパンデミックの第2波 の原因の一部であると考えられている。その後、イギリスでの第3波 にも波及している。
5月31日、WHOはこの変異株をデルタ株 (Delta variant) と命名した[ 7] ギリシア文字 を使用する方針による）。
6月7日、シンガポール国立感染症センター （英語版 ） 肺炎 を発症する可能性が高く、より酸素 を必要とする可能性が高いことを示唆する論文を投稿した。
7月1日、WHOは前述のイギリスだけでなく、ヨーロッパ の他の場所でも同様の影響を与える可能性があると警告した[ 8]
デルタ株は、SARS-CoV-2スパイクタンパク質をコードする遺伝子に変異があり、D614G およびT478K・P681R・L452Rの置換を引き起こす。これはNextstrain （英語版 ）
2020年10月、この系統がインドで初めて記録され、後に系統 B.1.617.2 (lineage B.1.617.2 ) と命名された[ 4] [ 9] 懸念される変異株 (VOC) や注目すべき変異株 (VOI) にギリシャ文字 を使用する新しい方針を導入した後、系統 B.1.617.2に対しデルタ (δ:Delta) のラベルを割り当てた[ 4] [ 7] [ 9]
B.1.617系統は、これまでにB.1.617.1 - 3の3つの亜系統に分類されており、このうち、B.1.617.1 とB.1.617.2はWHOのラベルで、それぞれカッパ株 (Kappa variant) ・デルタ株 (Delta variant) に分類されている。
B.1.617系統は、スパイクタンパク質にL452R・D614G・P681R変異を共通に有している。また、B.1.617.3はB.1.617.1で発見されたE484Q 変異を共有しているが、B.1.617.2にはE484Q変異がない。一方、B.1.617.2にはT478K変異があるが、B.1.617.1およびB.1.617.3には見られない[ 10] [ 11]
2021年4月、B.1.617.1 (VUI-21APR-01) がPHEによって調査中の変異株 (VUI) に指定された。4月後半には、他の2つの変異株であるB.1.617.2 (VUI-21APR-02) とB.1.617.3 (VUI-21APR-03) が調査中の変異株 (VUI) として指定された。欧州疾病予防管理センター (ECDC) は、B.1.617の3つの副系統すべてを注目すべき変異株 (VOI) として維持する概要を発表し、「現在の措置の変更を検討する前に、これらのB.1.617系統に関連するリスクをより深く理解する必要がある」とした[ 12]
2021年5月6日、PHEは、少なくともB.1.1.7と同程度の感染・伝播性があると評価し、B.1.617.2系統を調査中の変異株 (VUI) から懸念される変異株 (VOC) に引き上げ、"VOC-21APR-02" と位置付けた[ 13] 公衆衛生 上のリスクがより大きなB.1.617.2系統のみをVOCに分類（他の2亜系統は格下げ）するように改めている[ 14] インドにおける第2波の感染拡大 の要因の一つであると考えられている[ 15] [ 16] [ 17]
デルタ株/B.1.617.2ゲノムには、それがコードするタンパク質 のアミノ酸配列 に変化をもたらす13の突然変異（いくつかの情報源によると、より一般的な突然変異が含まれるかどうかに応じて15または17）がある。それらのうち、すべてのウイルスのスパイクタンパク質コードに含まれている4種類は、特に懸念されている。
D614G - 614番目アミノ酸残基 のアスパラギン酸 からグリシン への置換は、アルファ 、ベータ 、ガンマ などの他の感染性の高い変異株と共有されている[ 18]
T478K - 478番目アミノ酸残基のスレオニン からリジン への置換である[ 19]
L452R - 452番目アミノ酸残基のロイシン からアルギニン への置換であり、ACE2 受容体に対するスパイクタンパク質のより強い親和性および免疫系の認識能力の低下をもたらす。
P681R - 681番目アミノ酸残基のプロリン からアルギニンへの置換であり、ウィリアム・A・ハゼルティンによると、「S前駆体タンパク質の活性S1/S2構成への切断を促進することによって」変異株の細胞レベル感染性を高める可能性がある[ 20] なお、系統 B.1.617の他の亜系統で見られるE484Q変異は、B.1.617.2ゲノムには存在しない[ 20]
PANGO （英語版 ） 生物学 的特徴の変化に関連するものではなく全てデルタ株に含まれる[ 21]
系統 AY.1とAY.2は「デルタプラス」(Delta plus) または「ネパール 株」とも呼ばれ、ベータ株 にも存在するK417N変異（配列417番目の変化は、リジンからアスパラギン への置換[ 22] [ 23] [ 24] アメリカ で発見され、ORF 1a部位にI3731V変異を有している[ 25]
2021年6月22日には、B.1.617.2にK417N変異が追加され感染力がさらに強いとされる前述の系統 AY.1（B.1.617.2.1）[ 26] [ 注 1] [ 27] ワクチン 接種者の免疫 （抗体）、モノクローナル抗体 治療にも抵抗を示す可能性があるとされる[ 28] [ 29] [ 30] [ 30]
最も一般的な症状は、以前の標準的なCOVID-19に関連した最も一般的な症状から変化している可能性が示唆されている。感染した人々は、症状をひどい風邪と間違え、隔離する必要があることに気付かない可能性がある。報告されている一般的な症状は、頭痛、喉の痛み、鼻水、または発熱とされる[ 31] [ 32] [ 33]
感染者が排出するウィルス量が多いことから、あたかも空気感染 （厳密にはエアロゾル感染に該当）しているように観察されるのが特徴である[ 34]
デルタ株に感染した人への治療は、他のCOVID-19感染者と同じである。
インドの医学研究評議会（ICMR）は、COVID-19症例の回復期血清 と、バーラト・バイオテック （英語版 ） Covaxin （BBV152）のレシピエントが、有効性は低いものの、B.1.617を中和 できることを発見した[ 35]
インドの科学研究機関、Institute of Genomics and Integrative Biology（IGIB）の所長であるアヌラグ・アグラワルは、系統 B.1.617で利用可能なワクチンの有効性に関する研究において、ワクチン接種後の感染 がより軽度であることを示唆していると述べた[ 36]
アメリカ大統領 のチーフメディカルアドバイザーであるアンソニー・ファウチ も、予備的な結果について自信を示している。2021年4月28日のインタビューで、彼は次のように述べた。
これは、私たちがまだ毎日データを取得しているところです。しかし、最新のデータは、COVID-19症例の回復期の血清と、インドで使用されているワクチンであるCovaxinを投与された人々を調べていました。それがB.1.617変異株を中和することがわかりました
[ 37] 。
ハイデラバードの細胞分子生物学センター（CCMB）による別の研究では、オックスフォード-アストラゼネカ （Covishield）のワクチン接種による血清が系統 B.1.617に対して保護することが分かった[ 38]
WHOは、現在のワクチンは変異株に対して引き続き有効であると述べている。イングランド公衆衛生庁（PHE）が実施した研究によると、ファイザー-バイオンテック とオックスフォード-アストラゼネカの両方のワクチンが、初回接種後に変異株によって引き起こされる症候性疾患を33%防御することが分かった。2回目の接種の2週間後、ファイザー-バイオンテックワクチンはデルタ株からの症候性疾患の防御に88%有効であるのに対し、オックスフォード-アストラゼネカワクチンは60%有効であった[ 39] [ 40]
ランセット に掲載されたFrancis Crick Instituteの研究者グループによる研究によると、ファイザー-バイオンテックワクチン接種を完了したヒトは、従来株と比較してデルタ株に対する中和抗体のレベルが5倍以上低い可能性があるとした[ 41]
2021年6月、PHEはファイザー-バイオンテックワクチンとアストラゼネカワクチンの2回接種後、デルタ株による入院の予防にそれぞれ96%と92%有効であるという調査結果を発表した[ 42] [ 43]
2021年7月のスリジャイワルデンプラ大学の研究では、シノファームBIBPワクチン について、ワクチンを投与された研究対象の95%で抗体陽転を引き起こしたことが判明した。割合は20-39歳のグループ（98.9%）でより高かったが、60歳以上のグループ（93.3%）でわずかに低かった。中和抗体は、研究対象のワクチン接種者の81.25%に存在した[ 44] [ 45]
2021年6月29日、ガマレヤ研究所の所長であるデニス・ログノフは、スプートニクV がデルタ株に対して約90%有効であると述べた[ 46]
8月2日には、数人の専門家が現在のワクチンで免疫された人々の間でデルタ株に感染しているため、集団免疫を達成できない可能性があると懸念を表明した[ 47]
8月10日に発表された研究では、16か国で完全なワクチン接種率がデルタ株変異頻度と逆相関していることが示された（R2 =0.878）。データは、COVID-19に対する完全なワクチン接種がウイルスの進化を遅らせる可能性があることを強く示している[ 48]
イギリスの科学者は、デルタ株はイギリスで最初に同定され（ケント変異株として）以前は優勢だったアルファ株よりも40%から60%伝染性が高いと述べている。アルファ株が2019年後半に出現した元のSARS-CoV-2株より既に150%の伝染性があり、デルタ株がアルファ株の150%の伝染性がある場合、デルタ株は元の株より225%の伝染性がある可能性がある。BBCは、最初に検出されたSARS-CoV-2の
R
0
{\displaystyle R_{0}}
基本再生産数 ）は2.4 - 2.6であるが、アルファ株の基本再生産数は4 - 5で、デルタ株の基本再生産数は5 - 9としている。
米国、ドイツ、オランダの監視データによると、デルタ株はアルファ株に対して2週間ごとに約4倍に増加している[ 49] [ 50] [ 51]
インド、イギリス、ポルトガル、ロシア、メキシコ、オーストラリア、インドネシア、南アフリカ、ドイツ、ルクセンブルク、アメリカ、オランダ、デンマーク、フランス、そしておそらく他の多くの国では、デルタ株が2021年7月までに支配的な株となった。通常、症例と変異株の報告の間には3週間の遅れがある。7月20日時点でこの変異株は124か国に広がり、WHOは、まだ1つではないにしても、優勢な株になりつつあることを示していた[ 52]
プレプリント によると、変異株による感染の最初の陽性検査でのウイルス量は、2020年の感染と比較した場合よりも平均して約1,000倍高かった[ 53] [ 54] [ 55]
インド政府の統合疾患監視プログラム（IDSP） （英語版 ） [ 56]
^ 同年3月にヨーロッパで最初に検出され、その後にアジアやアメリカでも検出された[ 26]
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