Exerceu as funções de Subsecretário de Estado da Guerra e depois de Ministro da Guerra (entre 1944 e 1958), permanecendo 22 anos no Governo e afirmando-se como um dos mais estreitos colaboradores de António de Oliveira Salazar e um dos mais longevos ministros dos seus governos.
Principal factor da reestruturação das Forças Armadas Portuguesas sob o Estado Novo e da sua subordinação ao poder político, Santos Costa participou ao lado de Salazar, de modo decisivo, na formulação da política de defesa de Portugal desde o deflagrar da Guerra Civil de Espanha até ao início da Guerra Fria, incluindo o período conturbado da Segunda Guerra Mundial. Nessas funções desempenhou um relevante papel nacional e internacional, em particular nas relações com os Aliados e na entrada de Portugal na NATO.
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