Il a été fondateur et directeur[14] du Master professionnel "Médiation dans les organisations" de 2001 à 2010 (à présent intitulé Master 2 "Médiations et société").
Membre du Centre de recherche et de documentation sur Hegel et Marx[15] (CRDHM), puis du Centre de recherche sur Hegel et l'Idéalisme allemand (CRHIA), auxquels ont succédé le Laboratoire Métaphysique allemande et Philosophie pratique (MAPP).
Diderot, Entretien d’un philosophe avec Madame la Maréchale de ***, présentation, notes et dossier, avec Colas Duflo, Paris, GF-Flammarion, 2009
Direction de publications
Les matérialismes philosophiques, Paris, KIMÉ, 1997
La philosophie saisie par l’histoire, Hommage à Jacques D’Hondt, avec Michel Vadée, Paris, KIMÉ, 1999
Les Lumières et l’Idéalisme allemand, Paris, L’Harmattan, 2006
L’encyclopédie du Rêve de d’Alembert de Diderot, avec Sophie Audidière et Colas Duflo, Paris, CNRS Éditions, 2006
Matérialistes français du XVIIIe siècle, La Mettrie, Helvétius, d’Holbach, sous la direction de Sophie Audidière, Jean-Marie Lardic, Francine Markovits, Yves Charles Zarka, Paris, PUF, « Fondements de la politique », 2006
Michel Foucault, savoirs, dominations, sujet, sous la direction de Jean-Claude Bourdin, Frédéric Chauveau, Vincent Estellon, Bertrand Geay, Jean-Michel Passerault, Rennes, PUR, 2006
Archives de philosophie, « Diderot philosophe », avec Colas Duflo, Paris, tome 71, printemps 2008
Althusser : une lecture de Marx, Paris, PUF, « Débats philosophiques », 2008
Crises et conflits dans la pensée de Jean-Jacques Rousseau, Poitiers, Cahiers du Gerhico, 2010
La Dynamique de la violence, sous la direction de Frédéric Chauvaud, Jean-Claude Bourdin, Ludovic Gaussot, Pierre-Henri Keller, Rennes, PUR, 2010
↑« Travaux de Jean-Claude Bourdin », dans Lumière, matérialisme, morale : Autour de Diderot, Éditions de la Sorbonne, coll. « La philosophie à l’œuvre », , 291–298 p. (ISBN979-10-351-0739-0, lire en ligne)
↑Pierre Berthiaume, « Lumières, matérialisme et morale. Autour de Diderot. Textes réunis en hommage à Jean-Claude Bourdin, sous la direction de Colas Duflo », Recherches sur Diderot et sur l'Encyclopédie, no 52, , p. 223–226 (DOI10.4000/rde.5516, lire en ligne)
↑Michèle Crampe-Casnabet, « Jean-Claude BOURDIN, Diderot. Le matérialisme, Paris, P.U.F., Collection Philosophies, 1998, 128 p. », Recherches sur Diderot et sur l'Encyclopédie, no 25, (DOI10.4000/rde.1951, lire en ligne)
↑Nicolas Février, « Jean-Claude Bourdin, Hegel et les matérialistes français du XVIIIe siècle. Préface de Jacques D'Hondt », Revue Philosophique de Louvain, vol. 93, no 1, , p. 186–188 (lire en ligne)
↑Laurence Montel, « Marco CICCHINI et Michel PORRET [dir.], Les sphères du pénal avec Michel Foucault. Histoire et sociologie du droit de punir, Lausanne, Antipodes, 2007, 303 p. (ISBN978-2-940146-86-4). 25 euros.Jean-Claude BOURDIN, Frédéric CHAUVAUD, Vincent ESTELLON, Bertrand GEAY et Jean-Michel PASSERAULT [dir.], Michel Foucault. Savoirs, domination et sujet, Rennes, Presses universitaires de Rennes, 2008, 297 p. (ISBN978-2-7535-0567-4). 18 euros. », Revue d'histoire du XIXe siècle. Société d'histoire de la révolution de 1848 et des révolutions du XIXe siècle, no 39, , p. 147–149 (DOI10.4000/rh19.3940, lire en ligne)
↑Février, Nicolas, « Jean-Claude Bourdin, Hegel et les matérialistes français du XVIIIe siècle. Préface de Jacques D'Hondt », Revue Philosophique de Louvain, Persée, vol. 93, no 1, , p. 186–188 (lire en ligne, consulté le ).
↑Montel, Laurence, « Marco cicchini et michel porret [dir.], les sphères du pénal avec m... », Revue d'histoire du XIXe siècle. Société d'histoire de la révolution de 1848 et des révolutions du XIXe siècle, Société d’histoire de la révolution de 1848, no 39, , p. 147–149 (ISSN1265-1354, DOI10.4000/rh19.3940, lire en ligne, consulté le ).