Historiquement, S était un nom féminin quand on prononçait cette lettre ès et masculin quand on la prononçait se[1]. Toutefois, ès est maintenant la prononciation la plus en usage et ce nom ainsi prononcé est devenu masculin. Il en est ainsi pour les lettres F, H, L, M, N, R, et S.
Jusqu'au XIXe siècle, s se traçait différemment selon qu'elle était en fin de mot (s) ou non (ſ dit s long). On dit qu'elle avait une variante contextuelle. Par exemple, saucissons pouvait être écrit ſauciſſons (ou encore ſauciſsons voire ſaucißons, avec diverses ligatures dont ß).
Prononciation en français
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En français, la règle générale est que s se prononce [z] quand elle est située entre deux voyelles, et [s] dans tous les autres cas (début de mot, ou située entre une consonne et une voyelle — y est une voyelle en français. Elle se prononce rarement quand elle est située à la fin d'un mot, mais intervient dans les liaisons (elle se prononce dans ce cas [z]).
Cas particulier, pour un mot commençant par s (donc prononcé [s]), on continue à prononcer [s] quand on ajoute un préfixe, même si le s se retrouve alors entre deux voyelles. Exemples : antisocial, asexualité.
Il existe d'autres exceptions pour raisons étymologiques : dans transitif, le s se prononce [z]. Dans asymptote, il se prononce [s].
Avant 1989, la consonne affriquée alvéolaire sourde pouvait se noter [tˢ], avec un s minuscule en exposant. Ce son est aujourd’hui officiellement transcrit [t͡s][2].