Η Ιερά Μητρόπολη Παροναξίας εδρεύει στη Χώρα της Νάξου όπου και το μητροπολιτικό μέγαρο, στη θέση Γρόττα στα βορειοδυτικά του Κάστρου. Στη περιφέρεια της Μητρόπολης υπάγονται, εκκλησιαστικά, τα νησιά Νάξος, Πάρος και Αντίπαρος. Μητροπολίτης Παροναξίας σήμερα είναι ο Καλλίνικος Δεμενόπουλος. Η διοίκηση ασκείται μέσω της Πρωτοσυγκελλίας της Ιεράς Μητροπόλεως.
Ο Μητροπολιτικός Ναός της Παροναξίας βρίσκεται βορειοδυτικά της πόλης της Νάξου και είναι αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή. Κτίσθηκε το 1787 από τον Μητροπολίτη Παροναξίας Νεόφυτο στη θέση παλαιότερου μικρού ναού. Παλαιότερος μητροπολιτικός ναός φέρεται ο της Παναγίας της Χρυσοπολίτισσας. Μπροστά από το χώρο του μητροπολιτικού ναού αποκαλύφθηκαν σημαντικά λείψανα της 2ης και 1ης π.Χ. χιλιετίας μεταξύ των οποίων και τύμβος των Ναξίων της περιόδου εκείνης.
Ο Ιερός Ναός του Άσπρου Χωριού, όπου τιμάται κάθε Σεπτέμβριο ο Άγιος Χρυσόστομος Σμύρνης και οι Μικρασιάτες Νεομάρτυρες.
Η Μητρόπολη Παροναξίας θεωρείται από τις αρχαιότερες Μητροπόλεις όχι μόνο της Ελλάδος αλλά και του Χριστιανισμού. Κατά την χριστιανική παράδοση στη Νάξο ήλθε και δίδαξε τον χριστιανισμό ο μαθητής του Ιωάννη του Θεολόγου, όταν εκείνος βρίσκονταν στη Πάτμο, ο Άγιος Πολύκαρπος που αργότερα ως επίσκοπος μαρτύρησε στη Σμύρνη. Εκ του γεγονότος αυτού υπάρχουν στη Νάξο εκκλησίες αφιερωμένες στον Άγιο Πολύκαρπο, στα χωριά Αγγίδια, Σαγκρί, Φιλώτι καθώς και του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Κεραμωτή (ενοριακή), στη θέση «Γύρουλας» στο Σαγκρί, που οικοδομήθηκε πάνω στον αρχαίο ναό της θεάς Δήμητρας, καθώς και δεκάδες άλλα βυζαντινά ξωκλήσια.
Επίσης στις Οικουμενικές Συνόδους φέρονται να συμμετείχαν και επίσκοποι Νάξου και Πάρου, όπως ο Βάραχος Επίσκοπος Νάξου που συμμετείχε στην Δ΄ Οικουμενική Σύνοδο (το 451 μ.Χ.), ο Αθανάσιος Α΄ Επίσκοπος Πάρου που συμμετείχε στη Γ΄ (το 431) και Δ΄ (το 451) Οικουμενικές Συνόδους, οι Γεώργιος Επίσκοπος Νάξου και Στέφανος Επίσκοπος Πάρου που συμμετείχαν στην ΣΤ΄ Οικουμενική Σύνοδο. Εκ των παραπάνω διαφαίνεται ότι επί 7 αιώνες της 1ης μ.Χ. χιλιετίας η Νάξος και η Πάρος αποτελούσαν Επισκοπές.
Αλλά και ο μοναχισμός που εκδηλώθηκε στη περιφέρεια της Μητρόπολης Παροναξίας φέρεται να ήταν από τις αρχαιότερες οργανωμένες μορφές του στον ελλαδικό χώρο πλην όμως παραμένει άγνωστη χρονικά η εγκαθίδρυσή του. Το πλέον πιθανό είναι ότι οι πρώτες μοναστικές αυτές κινήσεις να εμφανίστηκαν στη Νάξο τον 5ο με 6ο αιώνα αφού πολλά θρησκευτικά μνημεία (εκκλησίες, μοναστήρια κ.λπ.) της Νάξου και Πάρου ανάγονται στη περίοδο του 6ου με 7ου αιώνα.
Αργότερα όλα τα νησιά του Αιγαίου υπάχθηκαν εκκλησιαστικά στην επισκοπή Ρόδου κατά την βυζαντινή διοικητική διαίρεση των θεμάτων. Όμως το 1083 με χρυσόβουλο λόγο του Αυτοκράτορα Αλέξιου Α΄ Κομνηνού και επί Πατριάρχου Ευστρατίου, του επικαλούμενου Γαριδά, τα νησιά Νάξος, Πάρος και Αντίπαρος αποκόπηκαν από την Μητρόπολη Ρόδου, προβιβαζόμενα σε Μητρόπολη τη μέχρι σήμερα καλούμενη Ιερά Μητρόπολη Παροναξίας. Αρχικά ο Μητροπολίτης Παροναξίας έφερε τον τίτλο του "Υπερτίμου και Εξάρχου παντός Αιγαίου Πελάγους", σύμφωνα με χρυσόβουλο του 1087 του ίδιου Αυτοκράτορα.
Φραγκοκρατία (1207-1537 μ.Χ.)
Επί Λατινοκρατίας η Μητρόπολη Παροναξίας έπαψε να υφίσταται τουλάχιστον ενεργή αφού καταλήφθηκε από Καθολικό ιεράρχη. Όταν επανήλθαν στις νήσους οι Τούρκοι, το 1537, η Μητρόπολη Παροναξίας επανασυντάχθηκε, στην οποία και υπάχθηκαν τότε και οι νήσοι Μήλος και Μύκονος. Η μεν Μήλος παρέμεινε μέχρι το 1600, οπότε και προάχθηκε σε Επισκοπή, η δε Μύκονος μέχρι το 1646, οπότε και αποτέλεσε μέρος της Αρχιεπισκοπής Σίφνου, η οποία αργότερα μετονομάστηκε Μητρόπολη Σύρου, με έδρα τη Σύρο. Σημειώνεται ότι σ΄ όλες τις παραπάνω περιόδους ακόμη και εκείνης επί Φραγκοκρατίας, η Μητρόπολη Παροναξίας ήταν πλουσιότατη, διαιρούμενη σε πολλά εκκλησιαστικά τμήματα στα οποία προΐστατο συνήθως χωροεπίσκοποι.
Ο Μητροπολιτικός Ναός Ζωοδόχου Πηγής στη Χώρα της ΝάξουΠαναγία η Καταπολιανή
Ενορίες, Ναοί και Μονές
Στην περιφέρεια της Ιεράς Μητρόπολης Παροναξίας υφίστανται 44 Ενοριακοί ναοί, 206 Παρεκκλήσια, 570 Εξωκλήσια, 18 Ναοί κοιμητηρίων, 20 Μοναστηριακοί ναοί και 9 Μετόχια που διακονούνται από 35 περίπου κληρικούς.
Επίσης στη Νάξο υπάρχει η Μονή Φανερωμένης Κοιμήσεως της Θεοτόκου, η Μονή Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου και το ιερό προσκύνημα της Ζωοδόχου Πηγής ή Παναγίας της Αργοκοιλιώτισσας. Στην Πάρο το σημαντικότερο ιερό προσκύνημα είναι ο Ναός της Παναγίας Εκατονταπυλιανής.
