L'étymologie, du nom vient du Saint Philibert de Jumièges appelé aussi Philbert, un moine et abbé franc du VIIe siècle, d'autres villages portent son nom, car des moines bénédictins serait arrivée en remontant le lay en l'an 602 environs.
La suite du nom vient du Pont-Charrault qui relit la ville de Chantonnay à Saint-Philbert. Avant que le pont soit construit, le village se nommait tous simplement Saint-Philbert.
Des Hommes préhistoriques ont laissé des traces de leur passage dans des grottes. L'une d'entre elles, la plus connue s'appelle la grotte des Farfadets, dans l'ancien village de Vildé qui se trouve près d'un sentier, appelé le sentier des Farfadets, en référence à des légendes folkloriques, sur des lieux présents dans le coin.
il y avait aussi des sites mégalithique, aujourd'hui détruit, la Garne de la Rairie, les pierres-folles, la pierre-Aubert et la Garne du bourg[1].
durant le néolithique, les premiers village en bois sont construits de cette période des haches de pierre par exemple sont trouver en fouille archéologique. notamment au lieu-dit de la Roussière et de Poiserit.
Antiquité
Des fouilles archéologiques de plusieurs puits montrent que le village était déjà présent à l'époque gallo-romaine.
Mais c'est surtout le vestige de d'une villa Gallo-romaine qui affirme la présence de la romanisation, au lieu-dit de la ville et de Javarsay d'ailleurs dans une grandes parti de Chantonnay des vestiges de plusieurs Villa fut découverts.
Moyen Âge
L'église fut fortifiée et munie de meurtrières pendant la guerre de cent-Ans. Puis il y avait us une commanderie chevaleresque dans le lieu-dit de la Châtaignerais-aux-Côteaux de l'ordre de Malte.
Révolution
Pendant la première guerre de Vendée, la commune sera prise à la suite de la première Bataille de Chantonnay (17 mars 1793) (ou Première Bataille de Chantonnay), et se nommera la "Résolue" tandis que Saint-Mars-des-Prés, un village voisin se nommera « La Prairiale ».
Après la victoire des royalistes contre le général Marcé pendant la bataille de Gravereau, un pont qui se trouve non loin de Saint-Philbert-du-Pont-Charrault.
Des soldats républicains envoyés par le général Augustin Tuncqs attaqueront de nuit le village. Alerté, le général vendéen Sapinaud de la Verrie se précipite sur le pont-Charault pour secourir les habitants. Mais il sera abattu à la suite d'une embuscade des républicains.
Un succès pour les Républicains qui remporteront de nouveau la victoire à la suite de la deuxième bataille de Luçon, Saint-Philbert-du-Pont-Charrault sera libéré et retrouvera son nom d'origine seulement à partir de la seconde bataille de Chantonnay (Bataille de Chantonnay septembre 1793) une victoire royaliste.
Le , la commune de Saint-Philbert-du-Pont-Charrault est rattachée à celle de Chantonnay sous le régime de la fusion-association[3].
Événements
En 2011, le vignoble, de 30 hectares présent dans Chantonnay et Saint-Philbert-du-Pont-Charrault, est devenu le 5e fief vendéen avec l’appellation d'origine contrôlée "fiefs vendéens chantonnay".
Philibert de Jumièges, moine et abbéfranc du VIIe siècle appelé aussi Philbert, qui deviendra un saint, dont le village portera son prénom, comme tant d'autres.
↑H. Étienne et J.-C. Limasset, Ressources en charbon de la région Pays-de-la-Loire : Loire-Atlantique, Maine-et-Loire, Mayenne, Sarthe et Vendée, Nantes, BRGM, (lire en ligne [PDF]), p. 20 et 30
Note : La commune absorbante et l’année de fusion sont indiquées entre parenthèses à la suite du nom de l’ancienne commune ; lorsqu’une commune issue d’un regroupement est composée en italique, cela signifie qu’une nouvelle entité est créée.